В феврале 1479 г. португальская армия под командованием Гарсии де Менезеса, епископа Эворы, вторглась в Эстремадуру. Его задачей было занять и укрепить крепости Мериду и Медельин, контролируемые сторонницей Афонсу V графиней Медельинской. Армия включала, согласно сообщению Паленсии, тысячу португальских рыцарей, пехоту, а также 180 рыцарей Ордена Сантьяго во главе с казначеем Ордена Альфонсо де Монроем. 24 февраля недалеко от Ла-Альбуэра произошло их столкновение с кастильской армией в составе 500 рыцарей Ордена Сантьяго и 400 рыцарей Эрмандады, возглавляемой магистром Ордена Сантьяго. В последовавшей тяжёлой битве, несмотря на то, что кастильская пехота не устояла под натиском кавалерии противника, вмешательство магистра Сантьяго спасло ситуацию и привело к победе войск Изабеллы и Фердинанда. Сторонники Хуаны скрылись в Мериде, откуда двинулись к Медельину, а затем захватили этот город. Их противники осадили обе указанные крепости. В это время в Кастилию прибыл нунций Якобо Рондон де Сезенья с посланием папы Сикста IV, в котором тот аннулировал выданное им ранее разрешение на брак Афонсу V и Хуаны, что окончательно подорвало претензии претендентов. Также в феврале 1479 г. короли Кастилии попробовали собрать новый флот для экспедиции в Элмину, однако не смогли подготовить необходимое количество кораблей. В апреле 1479 г. король Фердинанд прибыл в Алькантару для участия в переговорах, организованных Беатрисой, маркизой де Вила-Реал. Длившиеся пятьдесят дней переговоры оказались безрезультатными, и конфликт продолжался. Обе стороны пытались добиться превосходства, которое бы им помогло в дальнейших переговорах. В то время как кастильцы нанесли поражение армии Толедского архиепископа, португальские гарнизоны в Эстремадуре успешно выдерживали осаду. Мирные переговоры возобновились летом, завершившись подписанием мирного договора. Договор, завершивший эту войну, был заключён в португальском городе Алкасоваш 4 сентября 1479 г. Соглашение было ратифицировано португальским королём 8 сентября того же года, а кастильскими королями в Толедо 6 марта следующего. По этой причине договор также известен как «Договор Алкасоваш-Толедо». Фактически было заключено два договора, один из которых урегулировал матримониальные отношения между двумя державами, а другой включал в себя положения договора Медина-дель-Кампо 1431 г. и устанавливал разделение сфер влияния Испании и Португалии в Атлантике. По династическому договору Хуана Бельтранеха отказывалась от претензий на Кастилию и получала возможность выбора – либо выйти замуж за принца Хуана Астурийского, либо уйти в монастырь; Хуана предпочла монастырь. Принцесса Изабелла Астурийская вышла замуж за Афонсу V, сына принца Жуана, и её родители выплатили значительное приданое в качестве компенсации военных затрат Португалии. Всем участникам конфликта объявлялась амнистия. Согласно договору о разделе территорий, за Португалией оставались Азорские острова, Мадейра и острова Зелёного Мыса и другие территории, которые будут открыты в направлении Гвинеи, кроме Канарских островов, оставшихся за Кастилией. В 1481 г. этот договор был подтверждён буллой «Aeterni regis» папы Сикста IV, в результате чего Португалия получила возможность продолжить колонизацию западного побережья Африки.