Силы сторонников Изабеллы захватили Трухильо и получили контроль над землями Ордена Алькантара и значительной частью территории Ордена Калатрава, а также маркизат Вильена. 4 декабря часть гарнизона Саморы восстала против Афонсу V, которому пришлось бежать в Торо. Хотя португальский гарнизон продолжал удерживать замок, сам город на следующий день захватил Фердинанд. В январе 1476 г. замок Бургоса сдался Изабелле. В феврале 1476 г. португальская армия, усиленная войсками, которые пришли с принцем Жуаном, сыном Афонсу V, покинула свою базу в Торо и окружила Фердинанда в Саморе. Осада оказалась для португальцев более тяжёлым испытанием, чем для кастильцев, и 1 марта Афонсу V принял решение вернуться в Торо. Фердинанд начал преследование врага, и в пяти км от города произошёл бой. После трёх часов битвы, прерванной начавшимся дождём и наступлением темноты, португальский король отступил к Кастронуньо, в то время как его сын организованно отступил к городу вместе с захваченными пленными. По мнению ирландского историка Джона Багнелла Бьюри, исход этого сражения не был определён. Обе стороны утверждали, что именно они одержали победу. Тем не менее, с политической точки зрения португальцы, основные силы которых покинули Кастилию, проиграли, и у Хуаны не осталось военных сил в Кастилии. Одновременно с этими событиями Изабелла и Фердинанд решали другую важную задачу – разрушение португальской монополии на торговлю с богатым гвинейским побережьем Африки. Получаемые оттуда золото и рабы были существенным источником дохода, позволяющим финансировать войну. С начала конфликта португальские корабли патрулировали андалузское побережье, перехватывая кастильские рыболовецкие и торговые суда. Ответным шагом кастильцев стала посылка четырёх галер под командованием Альваро де ла Нава, который смог не только остановить португальские набеги, но и разграбить расположенный на берегу реки Гвадиана португальский город Алкотин. Официальный историк Изабеллы Альфонсо Фернандес де Паленсия сообщает также о том, как экспедиция в составе двух каравелл, отправившихся из Палос-де-ла-Фронтера, захватила и продала в рабство 120 африканцев, а затем, несмотря на протесты вождей, ещё 140. В мае 1476 г. Изабелла приказала отпустить «короля Гвинеи» и его свиту, однако приказ был выполнен лишь частично, и из рабства был освобождён один только «король». В том же году португальский флот из двадцати кораблей под командованием Фернана Гомиша отправился к Гвинее с целью восстановить утраченный над нею контроль. Для противодействия ему короли Кастилии послали флот под командованием Карлоса де Валера. Из-за противодействия маркиза Кадисского, герцога Медина-Сидония и семьи Суньига подготовка кастильского флота была затруднена. Когда, наконец, кастильцы собрали флот, португальский флот был уже вне досягаемости, поэтому было решено отправиться в сторону островов Кабо-Верде. В результате острова были разграблены, а управлявший ими от имени Афонсу V Антонио де Ноли захвачен в плен. Альянс Людовика XI с Афонсу V был заключён 23 сентября 1475 г. Между мартом и июнем французские войска под командованием Алена д’Альбре неоднократно пытались перейти границу у Фуэнтеррабиа, но безуспешно.