Иерусалимский патриарх ввиду дошедших до него неблагоприятных вестей о жизни и деятельности архимандрита Арсения просил московского митрополита Серафима произвести следствие относительно поведения Арсения и, если дошедшие до патриарха вести и слухи окажутся справедливыми, отобрать у него всё полученное от доброхотных дателей на Гроб Господень и переслать патриарху, а самого Арсения никак не возвращать в Палестину, но сослать на постоянное житьё в какой-либо отдалённый русский монастырь. В то же время к митрополиту Серафиму поступило донесение от благочинного московских монастырей, даниловского архимандрита Геннадия, о том, «что находящийся в Москве иерусалимский архимандрит Арсений ведёт жизнь несоответственно его званию и собираемую сумму употребляет в расход без согласия находящейся при нём братии». Ввиду этого донесения митрополит Серафим назначил произвести следствие златоустовскому архимандриту Иннокентию, после чего 29 июля 1820 г. представил рапорт Святейшему Синоду. В тот раз архимандрит Арсений успел освободиться от возведённых на него обвинений в неподобающей его званию жизни и в неправильном расходовании сумм, собираемых им от доброхотных дателей на Гроб Господень. Из Иверского монастыря, куда его хотели сослать, он снова был возвращён на Иерусалимское подворье в Москве в качестве его единоличного хозяина и распорядителя, каким он был и раньше. Его обвинители, иерусалимские иеромонахи Фаддей и Гавриил, были отосланы в Таганрогский греческий монастырь, а иеродиакон Каллиник – за границу. Теперь можно было ожидать, что архимандрит Арсений, наученный горьким опытом, постарается не подавать более повода к соблазну своим поведением, чего ожидал от него и Святейший Синод, восстановляя его, ради ходатайства за него Иерусалимского патриарха, в прежнем звании настоятеля и распорядителя Иерусалимским подворьем в Москве. Но действительность показала совсем другое. Не прошло и месяца после постановления Святейшего Синода относительно архимандрита Арсения, как уже московский архиепископ Филарет 9 ноября 1822 г. снова доносил в Святейший Синод, что запрещение говорить проповеди архимандриту Арсению сделано было ещё покойным архиепископом Московским Августином, и что теперь, при объявлении ему вторичного запрещения проповедовать, Арсений «употребил укоризненные против иерархии слова». Арсений будто говорил: «Проклят тот, кто ему проповеди говорить запрещает». Ввиду этого Святейший Синод постановил: «Поелику оказанный вновь архимандритом Арсением поступок, заключающий в себе дерзость и неповиновение к законному порядку и властям, с нанесением даже безрассудной укоризны на архипастыря, под надзором и управлением коего, пребывая в России, находится, требует такого обуздания, от которого почувствовал бы всю тягость своего преступления. И для того, соображаясь с 5-м правилом Антиохийского Собора и с правилом святого Василия Великого, в главе 24 изображённым о пресвитерах, удержать его, архимандрита, от священнодействия, как нанесшего ту укоризну, по соображению обстоятельств, в духе злобы и, запретив ему, архимандриту, священнодействие, рукоблагословение и ношение знаков, к званию архимандрита принадлежащих, оставить его в сём положении до того времени, пока он с христианским смирением испросит у преосвященного, им обиженного, прощение и получит оное по разрешению его, подтвердив при том, что ежели он, архимандрит, не воздержится впредь от дерзости и неприличных поступков, то подвергнется строжайшему наказанию». Таким образом, архимандрит Арсений подвергся от Святейшего Синода запрещению, и разрешение ему священнодействовать поставлено было в зависимость от прощения его московским архиепископом.