Ходатайствовал архимандрит Арсений перед государем и об Иерусалимской патриархии, чтобы ей назначен был в Санкт-Петербурге, Москве или Киеве монастырь или подворье с церковью, где бы могли останавливаться и проживать приезжающие на Русь для сбора милостыни иерусалимские монахи. Не забыл он и себя: просил у государя себе и своим двум спутникам назначить жалованье и сверх того какого-нибудь царского дара. На это прошение князь Голицын от имени государя ответил Арсению особым письмом, в котором извещал его, «что государь император, выслушав всеподданнейшее письмо Ваше, поднесённое в марте месяце, всемилостивейше соизволил пожаловать Вам единовременно тысячу рублей, которые и получите Вы из Кабинета Его Императорского Величества... Что касается до других предметов, содержащихся в упомянутом письме Вашем по разным отношениям к Иерусалимской Церкви и монашествующим, то Высочайшего соизволения на оные не воспоследовало». Архимандрит Арсений остался очень недоволен таким исходом своей просьбы к государю. Так прекрасно было поставивший дело сбора в России доброхотных подаяний Гробу Господню, приобретший и потом расширивший новыми приобретениями Иерусалимское подворье в Москве, получивший относительно заведывания им такие широкие права от патриарха, он оказался, однако, не на высоте своего положения. Ещё 15 июля 1818 г. московский архиепископ Августин доносил в Святейший Синод: «С отцом архимандритом Иерусалимским случилось два неприятных происшествия: во-первых, обкрали его; во-вторых, прибил его иеромонах Лука и исцарапал всё лицо. В какое время сделана покража у архимандрита, что украдено, препровождаю Вашему Сиятельству копию показания, архимандритом данного. В рассуждении же побоев, претерпенных им от иеромонаха, объявил, что когда стал он укорять иеромонаха в пьянстве и увещевать, чтоб отстал от сей гнусной страсти, иеромонах, будучи пьян, кинулся на него, стал бить его и исцарапал ему лицо. Архимандрит послал за полицейским чиновником, который немедленно явился и ночевал у архимандрита для охранения его от иеромонаха. Я велел явиться ко мне иеромонаху. Он явился и подал мне письмо от архимандрита, который просит, чтоб иеромонах был во всём прощён. Я думаю, что архимандрит, по духу христианскому, может простить обидевшее его лицо, но начальство не должно оставить без внимания пьянство, дерзость и бесчиние монаха. Оно обязано для исправления его употребить надлежащие меры. Впрочем, я не знаю, под каким начальством состоит иерусалимский архимандрит – под синодальным или епархиальным? Архимандрит простил иеромонаха, однако, происшествие, случившееся между ними, разнеслось по Москве и много наделало шуму, весьма неприятного для святых отцов иерусалимских». В Москве действительно стали распространяться слухи о неблаговидном поведении архимандрита Арсения, о неправильном будто бы расходовании им сумм, собираемых на Гроб Господень, и эти слухи дошли даже до Иерусалимского патриарха. Поликарп от 23 мая 1820 г. пишет московскому митрополиту Серафиму: «Извещаем Вас, что с некоторого времени, как из писем, так и из посторонних известий, мы услышали и узнали о многоразличных поступках находящегося у Вас архимандрита нашего господина Арсения, совершенно противных его обету и поручению, о коих Ваше Высокопреосвященство сами можете удостовериться при подробном исследовании оных…»