Последний, получив синодский указ об Арсении, поручил управление Иерусалимским подворьем архимандриту греческого Никольского монастыря Григентию, а самому Арсению назначил для жительства Волоколамский монастырь. Но Арсений не подчинился этому распоряжению владыки – под предлогом болезни он остался в Москве в греческом Никольском монастыре. Отсюда он послал преосвященному два письма, в которых просил прощения во всём, «что он соделал неумышленно от неопытности», просил разрешить ему священнодействовать, а вместе с тем дозволить ему жить в Москве в каком-либо монастыре или на Иерусалимском подворье «по причине расстроенного здоровья и слабости сил для пользования врачами». Преосвященный согласился на просьбу Арсения: даровал ему прощение и благословение и даже разрешил ему священнодействовать, но только лишь в одном Волоколамском монастыре, куда он должен был отправиться согласно ранее состоявшемуся об этом определению преосвященного. Однако Арсений не только не отправился в Волоколамский монастырь, но и из греческого Никольского монастыря самовольно перебрался на Иерусалимское подворье, где и поселился. Обо всём этом архиепископ Филарет 19 февраля 1823 г. донёс в Святейший Синод. Слухи о поведении архимандрита Арсения дошли и до Иерусалимского патриарха, который 15 июля 1823 г. обратился по этому поводу в Святейший Синод с особою грамотой. Однако автор очерка поясняет, что сношения патриарха Поликарпа с русским правительством имеют строго определённый, специальный характер: все они состоят единственно в просьбах и ходатайствах о получении из России милостыни для задолженной Иерусалимской патриархии, к этой единственной цели направлены все усилия и хлопоты патриарха, об этом он только и говорит в своих посланиях к Святейшему Синоду, князю Голицыну, к московским иерархам. Никакие иные вопросы или отношения никогда не затрагиваются в грамотах Поликарпа, он никогда и ничего не говорит в них о жизни и положении Иерусалимской церкви, не сообщает никаких происходящих в ней событий, исключая постоянных указаний на громадную задолженность патриархии и самых общих заявлений о насилиях православным со стороны иноверцев. Но зато патриарх никогда не касается и русской церковной жизни и, по-видимому, вовсе ею не интересуется: желания пойти в общение с Русской церковью по делам и вопросам церковным, вызвать о них взаимный обмен мнений нет у него и следов. Патриарх Поликарп в своих посланиях на Русь – это только проситель милостыни, озабоченный и хлопочущий единственно о том, как бы получить из России милостыню и притом побольше, поэтому-то все его послания отличаются крайним однообразием и полной бессодержательностью, если исключить из них вопрос о милостыне. Святейший Синод, со своей стороны, выражал всегда полную готовность оказать всякую помощь бедствующей Иерусалимской патриархии: он ходатайствует перед государем о единовременной посылке Иерусалимскому патриарху 25 тыс. рублей; утверждает владение за Иерусалимской патриархией вновь основанным в г. Таганроге греческим монастырём; дозволяет посланным патриарха в течение нескольких лет собирать милостыню по всей России, предписав епархиальным архиереям оказывать иерусалимским сборщикам всякое содействие; утверждает, согласно высочайшей воле, за Иерусалимской патриархией в вечное владение церковь апостола Филиппа в Москве с принадлежащей ей землёй и затем заботливо следит за устройством и процветанием образовавшегося таким образом Иерусалимского подворья в Москве, направляя все усилия к тому, чтобы оно оказывало существенную помощь Иерусалимской патриархии, ради чего поручает московскому преосвященному внимательно следить за жизнью и деятельностью заведующего подворьем архимандрита Арсения, за правильным ведением им отчёта и расходования собираемых сумм и, когда возникли сомнения относительно правильности жизни и деятельности Арсения, производит по этому поводу дознания и расследования в видах оградить от ущерба интересы и выгоды Святого Гроба.