С весны 1929 г., после принятия в СССР постановления ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» от 8 апреля 1929 г., произошло существенное ухудшение положения религиозных организаций, коснувшееся и обновленческих структур. Религиозные общества утратили право юридического лица, почти повсеместно прекращалось издание церковной литературы, запрещалась всякая общественная деятельность церкви, и всё её существование фактически сводилось «к отправлению культа» в пределах молитвенных зданий, переданных государством группам верующих для удовлетворения «религиозных нужд». С этого же времени начался процесс массового закрытия храмов всех существующих церковных юрисдикций в СССР. Вместе с тем наряду с закрытием церквей в начале 1930 гг. наблюдался незначительный рост числа обновленческих общин. В 1929 г. на территории РСФСР было 2913 обновленческих церквей, в 1931 г. их число достигло 3283, и 262 молитвенных дома. Всего на территории СССР в 1931 г. обновленческому синоду подчинялись 4367 религиозных объединений, владевших 4367 молитвенными зданиями. В 1934 г. под прямым нажимом властей обновленческий синод выпустил в свет послание «О природе староцерковничества и о мерах церковной борьбы с ним», в котором «тихоновская» («староцерковническая») церковь объявлялась «еретичествующим расколом», а хиротонии, совершённые в ней после 15 июля 1923 г., – недействительными. 20 декабря 1934 г. синод своим постановлением отменил автокефалию Украинской церкви и ликвидировал самостоятельность церкви в Белоруссии. Обновленческие синоды в Белоруссии и на Украине были упразднены, а их руководители, не признавшие этого решения московского синода, были уволены на покой. 29 апреля 1935 г. члены «Священного Синода Православных Церквей в СССР» под давлением властей приняли постановление о самороспуске и о переходе всей полноты власти в руки «первоиерарха обновленческих православных церквей в СССР» Московского и Тульского «митрополита» Виталия (Введенского). Практически одновременно такое же решение был вынужден принять Временный Патриарший Священный Синод во главе с митрополитом Сергием (Страгородским). Наряду с упразднением коллегиальной системы управления, составлявшей основу церковного устройства обновленцев, в обновленческой церкви были распущены митрополитанские, епархиальные и викариальные управления, что привело к фактической ликвидации всех обновленческих церковных структур и нанесло сокрушительный удар по всему обновленчеству, полностью нивелировав его церковно-административные отличия от Московской патриархии. Начало массовых репрессий в рамках развязанной большевиками политики большого террора в полной мере коснулось и обновленческих храмов, духовенства и активных мирян. По имеющимся данным, в 1937–1938 гг. были расстреляны 86 обновленческих архиереев, упразднены все обновленческие митрополитанские управления и викариатства, а также подавляющее большинство епархий. Некоторые незакрытые епархии существовали лишь номинально и в ряде случаев управлялись представителями уцелевшего белого духовенства.