Для обсуждения вопроса о церковном мире предполагался созыв очередного поместного Собора, однако возглавлявшиеся Местоблюстителем Патриаршего престола Крутицким митрополитом Петром (Полянским) епископы отказались принимать участие в заседаниях «объединительного» Собора. Ликвидация церковного раскола не входила и в планы ОГПУ, не без участия которого особое влияние среди членов обновленческого синода получил непримиримый противник объединения с «тихоновцами» «митрополит» А.И. Введенский. Второй обновленческий поместный Собор (обновленцы называли его третьим Всероссийским) состоялся 1–10 октября 1925 г. в храме Христа Спасителя в Москве. На Соборе присутствовали 90 архиереев, 109 клириков и 133 делегата от мирян. Собор избрал своим почётным председателем Константинопольского  патриарха Василия III Георгиадиса, который, находясь под определённым влиянием турецкого правительства Мустафы Кемаля Ататюрка, имевшего дружественные отношения с советским правительством, направил Собору приветственное послание. При обсуждении вопроса о церковном мире лидирующее положение на Соборе, соответствующее замыслам ОГПУ, заняли противники воссоединения с патриаршей церковью. «Митрополит» А.И. Введенский огласил на Соборе ложное письмо «епископа»-провокатора Николая Соловья о том, что будто бы в мае 1924 г. патриарх Тихон (Беллавин) и митрополит Пётр (Полянский) послали с ним благословение в Париж великому князю Кириллу Владимировичу на занятие императорского престола. А.И. Введенский обвинил митрополита Петра (Полянского) в сотрудничестве с белогвардейским политическим центром и тем самым фактически парализовал стремление части соборян найти примирение с патриаршей церковью. Собор вновь признал институт патриаршества не соответствующим принципам соборного церковного управления по существу. Учитывая стремительную утрату обновленцами авторитета среди верующих, Собор отказался от проведения реформ в укладе церковной жизни. Постановлением от 5 октября Собор разрешил использование как григорианского, так и юлианского календарного стиля, что стало своеобразной ревизией постановлений обновленческого Собора 1923 г. Собор высказался за расширение соборности церковного управления, установив, в частности, институт «митрополитанских округов» со своим местным Собором при участии епископов, клириков и мирян, утвердил выборность епископата епархиальными съездами и избрание органов епархиального управления на епархиальных съездах. Приходской устав, утверждённый на Соборе, предусматривал независимость священника от мирян при сохранении ведущей роли приходского собрания. После Собора 1925 г. наблюдалось постепенное свёртывание обновленческих реформ (за исключением послаблений в брачном праве), что, тем не менее, не остановило падение авторитета обновленчества. 6 октября члены Собора утвердили автокефалию обновленческой церкви на Украине. 10 октября члены Собора избрали состав обновленческого синода Российской православной церкви во главе с председателем «митрополитом» Вениамином (Муратовским). В синод входили епископы, клирики и миряне, он состоял из президиума, действующего на постоянной основе, и пленума, собиравшегося периодически. При синоде было организовано восемь отделов (иностранный, административный, миссионерский, просветительный, церковно-юридический, издательский, хозяйственный и канцелярия).