Принятие Закона СССР «О свободе совести и религиозных объединениях» вызвало двойственную реакцию в обществе. С одной стороны, законодательный акт высшего уровня впервые в истории СССР создавал правовую основу для свободной религиозной жизни его граждан, с другой – сохранял многие недостатки советского законодательства в регулировании государственно-церковных отношений. Об этом, в частности, говорилось в Определении архиерейского Собора Русской православной церкви 25–27 октября 1990 г. Собор отметил гарантирование законом прав граждан на беспрепятственное исповедание веры и исполнение религиозных обрядов, а также на социальную справедливость и равенство, защиту прав и интересов граждан независимо от принадлежности к той или иной конфессии, признал особую важность закона для Русской православной церкви в том, что церковь впервые получила должную правовую основу своей деятельности и приобрела правоспособность юридического лица. Архиерейский Собор выразил глубокую благодарность Верховному Совету СССР за труды по разработке Закона СССР «О свободе совести и религиозных организациях» и за его принятие. В то же время Собор отметил отсутствие в тексте принятого закона несколько принципиальных положений, о необходимости которых церковь неоднократно заявляла в процессе обсуждения законопроекта, прежде всего, в отношении чёткого разделения религиозных организаций по категориям с их структурными и функциональными особенностями. Как говорилось в определении Собора, было бы естественно и закономерно установление, в первую очередь, церкви в целом (или духовного управления, или иной целостной религиозной организации, состоящей из общин и других религиозных учреждений) как юридического лица, а затем по принципу канонической принадлежности за её общинами, монастырями, духовно-учебными заведениями, за находящимися в её ограде религиозными братствами, миссионерскими обществами и др. В этой связи в определении Собора отмечалась как необоснованная установленная Законом СССР единообразная процедура регистрации всех категорий религиозных организаций в местном исполнительном комитете районного (городского) Совета народных депутатов. Собор выразил сожаление в связи с тем, что в тексте закона не нашли отражения высказывавшиеся в процессе его разработки пожелания о закреплении права религиозных объединений получить в собственность храмовые здания и другие сооружения, если они находятся на их полном содержании, включая реставрацию, ремонт, реконструкцию. Собор выразил надежду на то, что со временем в закон будут внесены необходимые изменения, и посчитал неотложной задачей его претворения в жизнь. 25 октября 1990 г. Верховный Совет РСФСР принял собственный закон «О свободе вероисповеданий», на основе которого стали складываться в дальнейшем государственно-религиозные отношения на территории Российского государства. В связи с этим Закон СССР «О свободе совести и религиозных организациях» фактически остался недействующим, хотя потерял юридическую силу только в декабре 1991 г. в связи с прекращением существования СССР.