Глава правительства перечислил следующие принципиальные нововведения законопроекта о конфессиональном законодательстве: упрощение порядка регистрации религиозных организаций, предоставление религиозным организациям прав юридических лиц, признание за гражданами права обучать и обучаться законам религии частным образом и др. В письме также перечислялись те предложения, которые обсуждались, но не были приняты при окончательном утверждении текста законопроекта: альтернативная гражданская служба для лиц, отказывающихся от несения воинской службы по религиозным убеждениям, обучение основам религии в школе, безвозмездная передача религиозным организациям всех ранее использовавшихся ими культовых и иных зданий. 18 мая 1990 г. была образована комиссия Верховного Совета СССР под руководством председателя подкомитета Комитета Верховного Совета СССР по законодательству А.Е. Себенцова. В состав комиссии вошли в том числе являвшиеся народными депутатами СССР митрополит Ленинградский Алексий II (Ридигер; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси), верховный патриарх и католикос всех армян Вазген I и председатель президиума Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана Мухаммад Содик Мухаммад Юсуф. Митрополит Алексий (Ридигер) активно участвовал в работе комиссии до своего избрания 7 июня 1990 г. на патриарший престол. На заседаниях комиссии его заменил архиепископ Смоленский Кирилл (Гундяев; ныне Патриарх Московский и всея Руси). В ходе работы над законопроектом обсуждали составление исчерпывающего перечня причин отказа от регистрации религиозного объединения, права религиозных объединений на производственно-хозяйственную, благотворительную и издательскую деятельность и свободное учреждение органов печати, уравнение суммы в отношении налогообложения религиозных объединений и других общественных организаций. Митрополит Алексий (Ридигер) и архиепископ Кирилл (Гундяев) неоднократно поднимали принципиальный вопрос о предоставлении прав юридических лиц не только местным религиозным общинам, но и конфессиональному религиозному объединению (церкви) в целом, но не получили поддержки со стороны большинства членов комиссии. 30 мая 1990 г. проект закона «О свободе совести и религиозных организациях» был принят Верховным Советом в первом чтении. 6 июня его текст был опубликован в газете «Правда» для общенародного обсуждения. Законопроект вызвал многочисленные отклики, оценки, замечания и предложения от глав религиозных организаций, священно- и церковнослужителей, преподавателей духовных образовательных учреждений, представителей религиозных центров, учёных, верующих, от членов республиканских советов по делам религий. Многие отзывы публиковались в печати. На поместном Соборе Русской православной церкви 7–8 июня 1990 г. было высказано позитивное отношение к готовившемуся закону и выражена надежда на то, что он обеспечит церкви конституционные условия для выполнения её миссии. При этом поместный Собор внёс конкретные замечания по проекту закона, прежде всего, в отношении того, что он «представляет составным частям Церкви (приходам, монастырям, управлениям, центрам, духовным учебным заведениям) право юридического лица, но лишает такого права Церковь как целостную религиозную организацию».