Только сотрудники Института научного атеизма Академии общественных наук при ЦК КПСС в заключении о содержании законопроекта отметили, что документ не отвечает потребностям демократизации и сохраняет ограничительные и запретительные нормы в отношении верующих граждан и религиозных объединений. Ряд учёных-обществоведов обратили внимание на то, что в законопроекте практически не были отражены вопросы реализации конституционного права граждан исповедовать любую религию или не исповедовать никакой религии, и предложили подготовить закон «О свободе совести». В августе 1987 г. Совет министров СССР отклонил проект общесоюзного закона «О религиозных организациях», признав его принятие в данный момент нецелесообразным. В начале 1988 г. ситуация с разработкой закона вновь изменилась, т.к. М.С. Горбачёв в это время впервые проявил внимание к преобразованиям в сфере религиозной политики как части процесса перестройки советского общества на демократических началах. 5 февраля 1988 г. Политбюро ЦК КПСС поручило Совету по делам религий и ряду других ведомств представить свои предложения по реформе государственно-церковных отношений. 15 апреля К.М. Харчев направил в ЦК КПСС докладную записку о необходимости принятия общесоюзного закона «О свободе совести и религиозных объединениях», проект которого прилагался. Как отмечалось в записке, действовавшее на тот момент законодательство союзных республик о религиозных объединениях «во многом устарело, имеет серьёзные пробелы в урегулировании принципиальных вопросов, а в ряде случаев противоречит конституционным и общесоюзным нормам, имеет отступления от ленинских принципов отношения государства к религии, не соответствует международным правовым актам, ратифицированным СССР». Это порождало конфликты с верующими внутри страны и создавало для СССР проблемы в международных отношениях. По мнению К.М. Харчева, принятие нового закона позволило бы успешно урегулировать конфликтные ситуации и «создать предпосылки для консолидации всех слоёв общества вне зависимости от отношения к религии на пути социалистического строительства». В докладной записке перечислялись принципиальные изменения, которые новый закон должен был внести в конфессиональное законодательство: гарантировать равенство и охрану прав и законных интересов граждан как исповедующих ту или иную религию, так и тех, кто имеют нерелигиозные (атеистические) убеждения; установить принцип взаимного невмешательства во внутренние дела друг друга для государства и религиозных организаций; не допускать решение вопросов, непосредственно касающихся деятельности религиозных организаций, без их участия; предусматривалась возможность оказания содействия со стороны государства религиозным организациям в их законной деятельности; за родителями закреплялось право как самостоятельно обучать детей основам веры, так и приглашать для этого представителей религиозных организаций; религиозные организации уравнивались в правах с другими общественными организациями и получали права юридических лиц; устанавливался заявительный вместо разрешительного порядок регистрации религиозных обществ; за религиозными организациями закреплялось право собственности на принадлежащее им или вновь приобретаемое имущество.