Закон «О внесении изменений и дополнений в Закон РСФСР “О свободе вероисповеданий”» был принят Верховным Советом РФ 26 июня 1993 г. в первом и 14 июля того же года – в окончательном чтениях, после чего направлен на утверждение президенту. Важнейшим изменением, внесённым в закон, было введение положения о том, что «правом на занятие религиозно-миссионерской, издательской и религиозно-пропагандистской деятельностью зарубежные религиозные организации, их представительства, а также лица, не имеющие гражданства Российской Федерации, не пользуются»; также предполагалась обязательная государственная регистрация для создаваемых в стране представительств зарубежных религиозных организаций. В закон были внесены важные добавления, касающиеся порядка передачи религиозным организациям в собственность или пользование культовых зданий, находящихся в государственной и муниципальной собственности. Принятие поправок к закону «О свободе вероисповеданий», ограничивающих деятельность в стране зарубежных религиозных организаций, вызвало протесты со стороны руководителей российских протестантских объединений, ряда зарубежных политических, общественных и религиозных деятелей, глав некоторых стран. Во многом это сказалось на решении президента Б.Н. Ельцина отклонить законопроект. 4 августа 1993 г. в своём письме в Верховный Совет президент поддержал основные идеи предложенного закона в отношении возрождения духовности российского общества и необходимости поддержки традиционных конфессий, но указал на то, что некоторые положения законопроекта противоречат Конституции РФ и международным правовым нормам. В частности, президент предложил не налагать запрет на миссионерскую и издательскую деятельность зарубежных религиозных организаций. 27 августа 1993 г. Верховный Совет РФ вновь рассмотрел проект закона о внесении изменений в закон «О свободе вероисповеданий» и принял его, включив в текст часть президентских поправок. 17 сентября того же года президент Б.Н. Ельцин вновь отклонил предложенный ему на подпись законопроект, предложив Верховному Совету принять и другие президентские поправки, чтобы привести документ в полное соответствие с конституционными и международными нормами. 21 сентября 1993 г. президент Б.Н. Ельцин подписал указ о роспуске Верховного Совета РФ, который не подчинился этому решению. В условиях открытой силовой конфронтации в Москве сторонников президента и парламента 26 сентября Верховный Совет РФ утвердил текст закона «О внесении изменений и дополнений в Закон РСФСР “О свободе вероисповеданий”», подписанный назначенным парламентом исполняющим обязанности президента Александром Владимировичем Руцким. Было объявлено о вступлении правового акта в силу, но фактически данное решение уже не имело юридического значения. После принятия 12 декабря 1993 г. новой Конституции РФ некоторые положения закона «О свободе вероисповеданий» оказались недействующими. В связи с упразднением системы территориальных советов народных депутатов, на которые возлагалась обязанность по надзору за соблюдением российского законодательства местными религиозными объединениями, их деятельность фактически оказалась вне государственного контроля. Прекратил существование Экспертно-консультативный совет Верховного Совета РФ, который давал в обязательном порядке своё заключение по регистрации религиозных организаций, не входящих в централизованные религиозные объединения (т.е. не принадлежащих к традиционным или длительное время существовавшим на территории России конфессиям), после чего регистрация таких организаций стала проводиться автоматически. С 1994 г. в Правительстве РФ и в Государственной Думе велась разработка нового Закона РФ «О свободе совести и о религиозных объединениях». После окончательного утверждения этого закона 26 сентября 1997 г. президентом Б.Н. Ельциным закон «О свободе вероисповеданий» был признан утратившим силу.