Одним из явных проявлений его неэффективности был бурный и ничем не сдерживаемый рост нетрадиционных для России религиозных организаций в начале 1990 гг., что было связано, прежде всего, с массовым въездом иностранных миссионеров самых различных конфессиональных принадлежностей. В некоторых российских регионах (прежде всего, на Дальнем Востоке) нетрадиционные религиозные организации составляли в эти годы 50-60% от числа всех зарегистрированных религиозных объединений. Активный наступательный характер деятельности нетрадиционных религиозных организаций, в том числе различных деструктивных сект, вызывал протесты со стороны верующих традиционных конфессий, вёл к росту общественной напряжённости. Уже в 1992 г., в первые месяцы после распада СССР и начала существования Российской Федерации как независимого государства, в Верховном Совете РФ был поднят вопрос о доработке закона «О свободе вероисповеданий». Необходимость этого мотивировалась тем, что закон был принят, когда РСФСР была союзной республикой в составе СССР, а в условиях полного суверенитета России нужен закон, соответствующий новому статусу государства (в том числе в отношении правового регулирования деятельности в стране иностранных религиозных организаций). Также речь шла о внесении в закон изменений, усиливавших контроль государства за деятельностью дестабилизировавших общественную ситуацию религиозных организаций. Негативным образом на дальнейшую законодательную работу повлиял нарастающий конфликт между президентом Б.Н. Ельциным и руководством Верховного Совета РФ, принявший в 1993 г. характер жёсткого политического противостояния. Стремясь заручиться поддержкой влиятельных в стране традиционных конфессий, и президент, и руководство парламента высказывались за проведение более активной государственной политики в религиозной сфере. Так, 20 апреля 1993 г. на встрече Б.Н. Ельцина с главами основных конфессий страны был поднят вопрос о необходимости внесения изменений в закон «О свободе вероисповеданий». Главы конфессий, в том числе патриарх Алексий II (Ридигер), говорили о пагубных последствиях, к которым приводит неконтролируемая деятельность в стране иностранных проповедников, представителей деструктивных сект. В свою очередь, президент Б.Н. Ельцин заверил глав конфессий в намерении исправить допущенные в религиозной политике ошибки. 23 апреля того же года Б.Н. Ельцин подписал распоряжение Правительству РФ «О передаче религиозным организациям культовых зданий и иного имущества», которое частично исправило недоработки закона «О свободе вероисповеданий» и создало правовую основу для массового возвращения верующим храмов и молитвенных зданий. В свою очередь, Верховный Совет РФ, приступив летом 1993 г. к работе по совершенствованию закона «О свободе вероисповеданий», высказался за внесение в него следующих принципиальных изменений: ограничение деятельности иностранных миссионеров и религиозных организаций; ужесточение контроля за деятельностью нетрадиционных конфессий; предоставление определённых правовых преимуществ традиционным церквам и религиям; предоставление приоритета российским гражданам при создании новых религиозных объединений.