При этом закон фактически продолжал советскую правовую традицию рассматривать в качестве религиозных объединений не конфессии в целом, а местные территориальные общины верующих граждан. О крупных конфессиональных образованиях в законе говорилось лишь, что местные религиозные объединения могут составлять региональные или централизованные объединения со своими органами управления и иными структурными подразделениями. Однако при этом закон, по существу, не проводил никаких различий между религиозными организациями разного уровня, наделяя и местные общины верующих, и религиозные центры одинаковым правовым статусом. Все религиозные объединения признавались юридическими лицами. Это положение устраняло ограничение прав религиозных организаций, существовавшее после принятия декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» 1918 г. (право юридического лица признавалось за религиозными объединениями и Законом СССР «О свободе совести и религиозных организациях» 1990 г.). Закон РСФСР закреплял и право религиозных объединений на владение зданиями, строениями, предметами культа, объектами производственного, социального, благотворительного, культурно-просветительного назначения, денежными средствами и иным имуществом, необходимым для их деятельности, что также являлось принципиальным отходом от прежних норм советского законодательства, декларировавших запрет религиозным организациям владеть собственностью. Закон РСФСР содержал развёрнутые требования к содержанию устава религиозных объединений, необходимого для получения ими правоспособности юридического лица. Для регистрации устава религиозные объединения образовавшие его граждане должны были обратиться в Министерство юстиции РСФСР или его органы на местах с учётом той территории, на которую распространяется деятельность данного объединения. В законе не оговаривалось число состоявших в религиозном объединении граждан, необходимое для его регистрации (в прежнем законодательстве РСФСР для этого требовались 20 человек, согласно Закону СССР 1990 г. – 10 человек). В случае принадлежности религиозного объединения к какому-либо региональному или централизованному объединению (т.е. конфессии) при подтверждении этого факта названным объединением его устав подлежал обязательной регистрации в течение месяца. При отсутствии подтверждения регионального или централизованного объединения соответствующий орган юстиции должен был обратиться за заключением в Экспертно-консультативный совет при Комитете Верховного Совета РСФСР по свободе совести, вероисповеданиям, благотворительности и милосердию. В этом случае срок регистрации мог быть продлён до трёх месяцев. Отказ в регистрации устава религиозного объединения мог быть обжалован в суде. Только суд, согласно закону, мог принять решение о прекращении деятельности религиозного объединения, если эта деятельность противоречила законодательству РСФСР. При этом в законе уточнялось, что «нарушение законодательства отдельными членами религиозных объединений не влечёт ответственности всего объединения в целом». Фактически данная правовая норма делала невозможным закрытие нарушающих российские законы религиозных объединений (например, деструктивных сект) даже при доказательстве преступной деятельности их членов. Возможность регистрации религиозных организаций, охватывавших в своей деятельности всю территорию страны (т.е. конфессиональных центров), в Министерстве юстиции РСФСР принципиально отличала российский закон от соответствующих норм закона СССР, предусматривавшего регистрацию всех религиозных объединений (включая центральные органы управления конфессий) исключительно местными органами власти.