Выбор подобной онтологии направлен против новоевропейской идеалистической эгоцентрической традиции, идущей от Рене Декарта (1596–1650 гг.): «Такая позиция выявляет существенным образом антикартезианский характер той метафизики, к которой мы устремлены». Онтология интерсубъективности Марселя строится на понятии личности как абсолютного ноуменального единства, сущностным образом открытого к другим личностям и, прежде всего, к самой Божественной Личности. Такое понимание интерсубъективности близко к понятию соборности у младших символистов русского Серебряного века, особенно у В.И. Иванова. «Метафизический дневник» посвящён Анри Луи Бергсону (1859–1941 гг.), который воодушевил Марселя на поиски новой философской «парадигмы» и способствовал освобождению от «духа абстрактности», и американскому философу Уильяму Эрнсту Хокингу (1873–1966 гг.), христиански окрашенный диалогический персонализм которого оказал на Марселя значительное воздействие. В лице У.Э. Хокинга на Марселя повлияла также традиция англосаксонского неогегельянства (Джосайя Ройс, Фрэнсис Герберт Брэдли) с её обращённостью к онтологии личности и одновременно вниманием к категории опыта, прежде всего, религиозного. Начиная с лекции «Онтологическая тайна и конкретные подходы к ней» («Position et approches concrètes du mystère ontologique». 1933 г.) Марсель переносит внимание на проблему бытия. Бытие мыслится им как тайна, или таинство («le mystère de l'être»), призыв которого человек слышит по ту сторону утраты себя в социальной функции массового общества. В этой сжато написанной работе представлены основные концепты и темы зрелой философской мысли Марселя: поднятые до метафизико-религиозной значимости понятия отчаяния и надежды, онтологической потребности («l'exigence ontologique») и онтологической тайны («mystère ontologique»); фундаментальное различение проблемы и тайны («полагать метапроблемное означает исходить из примата бытия по отношению к сознанию»), понятия присутствия («présence»), «трансцендентного по отношению к любой мыслимой верификации», и сосредоточения («recueillement»), без которого невозможно восприятие онтологической тайны и которое как «вторая рефлексия» восстанавливает то, что нарушается аналитической «первой рефлексией»; понятие созидающей верности («fidelité créatrice»); концепт открытости, расположенности («disponibilité») к другому. Все эти понятия и темы связаны между собой и отсылают к религиозному измерению философии Марселя. В ней исследователи ясно просматривают символы христианской веры, духовное наследие Европы, которую Марсель называл «околохристианской» («perichrétienne»). Марсель сознательно философствовал в свете Откровения, христианского опыта и традиции, стараясь при этом не переходить границу, отделяющую философию от богословия. Он понимал, что высшая Истина едина, и потому не противопоставлял философскую мысль основам христианского богословия, считая их взаимодействие необходимым. Откликаясь на духовно-нравственные проблемы своей эпохи, Марсель неоднократно затрагивал тему греха и греховности мира, связывая её с «прометеевским» богоборческим проектом, лежащим в основании новоевропейской цивилизации. Своё выступление осенью 1956 г. в рамках «Недели католических интеллектуалов» он завершил такими словами: «Хотеть начисто избавиться от идеи греха или, точнее, от опыта греховности значит совершать самую серьёзную ошибку.