В Париже русская богословская мысль столкнулась с инославием лицом к лицу, и ей предстояло осмыслить исторический путь христианских церквей, выявить то самое существенное, в чём они сохранили общность. Вслед за протоиереем Георгием Флоровским, который считал разделение церквей реальностью и призывал к единству на основе возвращения к вере древней неразделенной церкви, И.Ф. Мейендорф полагал, что церковное единство должно основываться на единстве веры при возможном разнообразии в способах её выражения: «Учение о кафоличности подразумевает законную возможность культурного, литургического и богословского разнообразия в единой Христовой Церкви. Это разнообразие не означает разногласия или противоречия. Единство Церкви предполагает полное единство веры, видения и любви, то единство единого тела Христова, которое превосходит всю законную множественность и разнообразие». По мнению И.Ф. Мейендорфа, православное богословие должно быть не «восточным» в узко-конфессиональном смысле, а универсальным, кафолическим, вселенским: «Все христиане стоят перед вызовом единого и в корне расцерковлённого мира. Этому вызову нужно смотреть в лицо... как проблеме, нуждающейся в богословском и духовном ответе. Для молодых поколений, где бы они ни были, не существенно, от какой именно духовной генеалогии зависит этот ответ – западной, восточной, византийской или латинской, – лишь бы он прозвучал для них истиной и жизнью. Поэтому православное богословие будет либо подлинно «кафолическим»... либо не будет богословием вообще». Тема взаимоотношений между православием и инославием затрагивается в таких книгах И.Ф. Мейендорфа, как «Orthodoxie et Catholicité» («Православие и кафоличность»), «L'Église Orthodoxe, hier et aujourd'hui» («Православная Церковь: Вчера и сегодня»), «Catholicity and the Church» («Кафоличность и Церковь»), «Witness to the World» («Свидетельство миру»), «Vision of Unity» («Видение единства»). В церковно-исторических трудах «Единство Империи и разделение христиан», «Византия и Московская Русь» И.Ф. Мейендорф рассматривал в исторической перспективе взаимоотношения церкви и государства, заостряя внимание на таких трудных и спорных проблемах, как папоцезаризм византийских императоров и цезарепапизм римских епископов, гонения на еретиков в эпоху императора Юстиниана I. И.Ф. Мейендорф считал себя, в первую очередь, церковным историком и лишь во вторую – богословом. По его мысли, все богословские проблемы должны рассматриваться в контексте истории. Ни догматы церкви, ни определения Вселенских Соборов, ни церковные каноны, ни учение святых отцов не могут быть правильно поняты вне церковно-исторического контекста: «Для того, чтобы действительно проникнуть в мир святых отцов, почувствовать их мысль, узнать, почему они говорили именно так, а не иначе, и что всё это значит для нас – носителей другого менталитета, живущих много веков спустя, в иной культуре, – нам необходимо изучать историю». Исследователи отмечают, что богословие самого И.Ф. Мейендорфа было глубоко историчным. По его мнению, настоящее невозможно понять, если не знать прошлое. В его трудах прошлое соединяется с настоящим, опыт человека XX в. рассматривается через призму святоотеческого опыта, учения византийских исихастов XIV в., опыта древней неразделённой церкви.