На примере Григория Паламы И.Ф. Мейендорф показал, что истинно христианское богословие немыслимо без мистики: «В богословии Паламы тщетно было бы пытаться разделить собственно богословие и мистику: богословский экзистенциализм и мистика исихазма – это два необходимых аспекта одной и той же Истины». По его мнению, именно мистическая направленность является главным отличием восточной богословской традиции от западной: «В истории восточного христианства мистическое созерцание Бога и богословие всегда находились в тесном соотношении, никогда не упраздняя друг друга. Поэтому и богословие на Востоке не превратилось в сухую науку, в то время как западное богословие постепенно приобрело “схоластический характер”». В богословских изысканиях И.Ф. Мейендорф уделял особое внимание христологическим проблемам. Результатом его многолетних трудов в области византийской христологии стало фундаментальное исследование «Иисус Христос в восточном православном богословии». В этой книге (так же как и в других работах, посвящённых данной теме) он подчёркивает непреходящее значение четвёртого Вселенского Собора (Халкидон, 451 г.), сформулировавшего учение о божественной и человеческой природах Сына Божия, однако отмечает, что халкидонское вероопределение, хотя и было достаточно сбалансированным, вызвало мощную волну расколов, не изжитых до сего дня. Изучив историческую и богословскую ситуацию, сложившуюся на Востоке в эпоху Халкидонского Собора, И.Ф. Мейендорф пришёл к выводу, что христология современных дохалкидонских церквей является продолжением и развитием христологии Кирилла Александрийского. Именно потому И.Ф. Мейендорф стал одним из наиболее активных деятелей диалога между православной церковью и Восточными православными (дохалкидонскими) церквами. Он считал необходимым вернуться к рассмотрению тех разногласий в области христологии, которые стали причиной разделения внутри Восточной церкви более полутора тысяч лет назад: «В настоящее время, – писал он, – нет сомнения в том, что военное подавление монофизитства в Египте и других местах, навязывание халкидонской иерархии при помощи византийской полиции, частые ссылки действительно популярных вождей египетской Церкви сыграли решающую роль в том, что раскол получил характер национального сопротивления византийскому церковному и политическому владычеству в Египте, Сирии и Армении... Те исторические обстоятельства, которые сделали все эти ошибки возможными в прошлом, уже не существуют... Поэтому для всех нас настало время оглянуться назад, на свои традиции, чтобы ясно увидеть подлинные вопросы... и признать, что божественная истина может часто выражаться по-разному без нарушения этим разнообразием единства во Христе». Проблема христианского единства глубоко волновала И.Ф. Мейендорфа в течение всей его жизни. На протяжении многих лет он участвовал в работе Всемирного Совета Церквей. Его участие в экуменическом движении было основано, с одной стороны, на строгой защите православных догматов, с другой – на поиске путей к преодолению существующего разделения между христианскими конфессиями.