После смерти Мстислава Изяславича память о нём как о представителе местной династии князей сохранялась на Волыни. В связи с созданием Русского государства и идеей о преемственности московскими князьями власти прежних киевских князей было возрождено их поимённое поминание. Один из таких списков сохранился в составе Троицкого пергаменного синодика 1575 г. (Российская государственная библиотека). История борьбы Мстислава Изяславича за Киевский престол против предков правителей Москвы с разной степенью подробностей отразилась в общерусских летописных сводах второй половины XV в. – первой половины XVI в., при составлении которых использовался южнорусский источник, отличающийся, по мнению исследователей, от «Ипатьевской летописи» и имеющий точные датировки событий. Не позднее 1554 г. в связи с составлением «Государева родословца» (около 1555 г.) возник «Царский синодик», в который в качестве одного из предков царя Ивана IV Васильевича Грозного было внесено имя Мстислава Изяславича. Так, например, между 1 октября 1556 г. и 30 января 1557 г. имя Мстислава Изяславича фигурировало в списке «Царского синодика», который был послан патриарху Иоасафу II в Константинополь, чтобы поминать русских князей. Тем не менее, вопрос о канонизации Мстислава Изяславича по-прежнему не ставился. Его канонизация состоялась в 1982 г., когда имя Мстислава Изяславича было включено в Собор Владимирских святых; их память была установлена в это время по инициативе архиепископа Владимирского и Суздальского Серапиона (Фадеева) и по благословению Патриарха Московского и всея Руси Пимена (Извекова).