По крайней мере, с начала XVII в. в синодике патриаршего московского Новинского в честь Введения Пресвятой Богородицы на Пресне мужского монастыря, в статье «Род Сергия, чюдотворца Радонежскаго» поминали «Игумена Митрофана» (Российская государственная библиотека, собрание «прочие» библиотеки Московской духовной академии). В 1716 г. с рукописи синодика 1646 г. был сделан новый список. Источником этой оригинальной записи стал один из списков Жития преподобного Сергия Радонежского в редакции преподобного Епифания Премудрого (ни в одной другой редакции помянника рода преподобного Сергия Радонежского имя Митрофана исследователи не встречают. Поминание первого духовного наставника троицкого игумена носило исключительно местный характер. По мнению исследователей, напрямую оно не было связано с Троице-Сергиевым монастырём. В пользу этого свидетельствует факт, что имя Митрофана не попало ни в синодик иеромонаха Троице-Сергиева монастыря Мартиниана в 1645–1649 гг. (Российская государственная библиотека), ни в «Месяцеслов» троицкого келаря Симона (Азарьина) в середине 1650 гг. (Российская государственная библиотека, Московская духовная академия), ни в «Книгу, глаголемую Описание о российских святых» в конце XVII в., ни в «Книгу, обдержащую в себе собрание всех российских святых чудотворцов…», принадлежавшую Павлу Ивановичу Савваитову, где были списки святых «Града Радонежа и монастыря», в начале XVIII в. В 1854 г. в очередной раз была обновлена роспись Троицкой церкви. До 1874 г. о Митрофане вспомнили при создании надписи за правым столбом в юго-западном углу этого собора. В ней было отмечено, что Варфоломей пострижен «игуменом Митрофаном в 1337 году, на 23 году от рождения». В 1981 г. имя Митрофана было включено в Собор Радонежских святых по инициативе наместника Троице-Сергиевой лавры архимандрита Иеронима (Зиновьева), празднование Собору установлено 10 июля 1981 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Пимена (Извекова).