Преподобный Сергий Радонежский с благодарностью вспоминал Митрофана, «печяловашеся зело», и молился «дабы Бог дал игумена, месту тому наставника, отца же и правителя», «просящу игумена и истиннаго строителя месту тому» («Полное собрание русских летописей», том 1). Исследователи полагают, что в этих характеристиках раскрывается та роль, которую Митрофан играл в Троицком монастыре. Ещё во второй половине XIV – первой четверти XV вв. значение игумена в духовном становлении преподобного Сергия Радонежского и его роль в организации («строении») Троицкой обители были хорошо известны его современникам. Всё это было зафиксировано в Житии её основателя. Однако позднее значение Митрофана в становлении Троицкого монастыря постепенно было заслонено значением более масштабной личности преподобного Сергия Радонежского. Поэтому не случайно, что во второй трети XV в. Пахомий Серб, создатель новых редакций Жития преподобного Сергия Радонежского, сильно сократил первоначальный рассказ преподобного Епифания Премудрого о пострижении Митрофана и опустил в тексте его имя. В первой Пахомиевой редакции Жития (по Борису Михайловичу Клоссу) говорится о «некоем священноиноке», который постриг преподобного Сергия Радонежского, когда ему было уже не 23, а «яко 20 лет», в третьей Пахомиевой редакции (по Б.М. Клоссу) – о безымянном старце. Кроме того, агиограф полностью изъял рассказ о пребывании Митрофана в Троицком монастыре в последний год его жизни. С помощью такого целенаправленного редактирования текста Пахомий Серб добился того, что именно преподобный Сергий Радонежский стал считаться первым игуменом Троицкого на Маковце монастыря. Поэтому не удивительно, что с последней четверти XV в. Митрофан не упоминается ни в одном из известных списков игуменов Троице-Сергиева монастыря. Во второй половине XIV – XX вв. в Троице-Сергиевом монастыре местное почитание и поминание Митрофана было основано на сведениях о нём как об игумене, который постриг в иноки преподобного Сергия Радонежского, а также как о его духовном наставнике и одном из первых насельников в обители. Однако память о Митрофане и его почитание не имели постоянного характера. Рассказ о Митрофане был включён в 1520 – начале 1530 гг. в Никоновскую летопись, но отсутствует в «Книге Степенной царского родословия» конца 1550 – начала 1560 гг.