Макарий вёл обширную и разностороннюю переписку, в том числе с духовными чадами и благотворителями, с официальными, государственными и церковными деятелями, например, с Николаем Павловичем Игнатьевым, архимандритом Леонидом (Кавелиным) и др. Макарий способствовал развитию широкой благотворительной деятельности Пантелеимонова монастыря, начатой старцем Иеронимом (Соломенцовым). Значительная помощь была оказана при строительстве русской больницы и при ней храма во имя Николая Чудотворца в Константинополе (освящён в 1876 г. Деркийским митрополитом Иоакимом (Крусулудисом)), храма-памятника на Шипке (Болгария). Монастырь раздавал церковную утварь, иконы, литературу духовно-нравственного содержания, денежные пособия афонским обителям, российским, греческим, сербским, болгарским храмам и монастырям, благотворительным учреждениям и духовным учебным заведениям, русским духовным миссиям. Афонские келлиоты тоже получали церковную утварь, облачения и другие необходимые для богослужения предметы. При Новоафонском монастыре оказывалась помощь местным жителям и паломникам, многие нуждающиеся получали работу в обители. При Московском подворье в 1881 г. учреждён приют Николаевского попечительства для призрения увечных воинов – участников Русско-турецкой войны (1877–1878 гг.) на восемь человек. Макарий продолжил регулярную раздачу продуктов, одежды и денежных пособий малоимущим жителям соседних с Афоном селений и нуждающимся афонцам, которую ввёл старец Иероним (Соломенцов). В духовном завещании Макарий поставил в долг своим преемникам «не ограничивать милостыню для всех нуждающихся», «сохранять издревле установленный порядок общежития» и братское единомыслие, а также «усердное поминовение имён благодетельских». Макарий был награждён золотым наперсным крестом «по ходатайству великого князя Алексея Александровича» (1868 г.), орденом святой Анны второй степени (1889 г.); был почётным членом Православного Палестинского общества. Пользовался уважением у турецких властей; в 1882 г. ему был «назначен орден Меджидие 4-й степени» (Государственный архив Российской Федерации). Братия и другие очевидцы рассказывали о случаях исцелений по молитвам Макария, о его прозорливости и многих благодатных дарованиях; неоднократно ему были «чудесные видения», о чём также есть свидетельства. С большой скорбью пережил Макарий кончину старца Иеронима (Соломенцова). Здоровье его ухудшилось, особенно в конце 1880 гг. (в том числе из-за печальных событий в монастыре: стихийных бедствий и других случаев). 30 января 1889 г. наместником игумена и его преемником посредством жребия был избран иеросхимонах Андрей (Верёвкин; впоследствии схиархимандрит и игумен Пантелеимонова монастыря). 19 июня 1889 г. Макарий совершил Божественную литургию (по воспоминаниям, с особым благоговением) и через шесть часов скончался. 21 июня состоялось его соборное отпевание, которое возглавил епископ Агафангел (Отдел рукописей Российской национальной библиотеки). В Пантелеимонову обитель поступили многочисленные соболезнования, в том числе от российских государственных и церковных деятелей, в которых почивший игумен назван «духовным светильником» и «неустанным молитвенником за русскую землю». 18 июня 1892 г. по афонской традиции честные останки были извлечены из могилы. 19 июня заупокойные богослужения при этом возглавил бывший Константинопольский патриарх Иоаким III Деведзис). После кончины Макария происходили его чудесные явления, сопровождавшиеся благодатной помощью, о чём сохранились свидетельства.