30 июля 1850 г. М.И. Сушкин выехал из Тулы в паломническую поездку по святым местам православного Востока. Посетив Киев, курскую Коренную в честь Рождества Богородицы пустынь, 23 января 1851 г. отплыл из Одессы в Константинополь. Отправился на Святую землю и Синай, где больше месяца прожил в монастыре великомученицы Екатерины, неопустительно присутствовал на богослужениях. Посетив Александрию, через Смирну и Фессалоники отправился на Афон и 3 ноября 1851 г. остановился в Русском Пантелеимоновом монастыре (Русике). Аскетический строй монашеской жизни, а также личность старца-духовника иеросхимонаха Иеронима (Соломенцова), руководившего русской братией Пантелеимоновой обители, произвели на Сушкина большое впечатление, вызвали в нём желание остаться в монастыре и в дальнейшем принять постриг. Совершая паломничество к святыням Афона, М.И. Сушкин заболел. Он находился в крайне тяжёлом состоянии и в ночь на 27 ноября 1851 г. в Пантелеимоновом монастыре был пострижен в великую схиму с именем Макарий. После пострига его состояние стало улучшаться. Выздоровев, Макарий трудился на общих послушаниях, а также был занят в библиотеке и выполнял послушание канонарха. Стал духовным чадом и ближайшим учеником иеросхимонаха Иеронима (Соломенцова); их отношения до кончины старца (1885 г.) отличались «редким единомыслием». Рукоположён в сан диакона 22 февраля 1853 г., в сан иерея – 3 июня 1856 г. «архиепископом Никодимом» (Отдел рукописей Российской национальной библиотеки). 7 августа 1857 г. назначен вторым духовником русской братии и стал главным помощником старца Иеронима (Соломенцова) в деле «восстановления на Афоне русского иночества», в возрождении Пантелеимонова монастыря и организации его внутренней жизни. Под руководством старца Иеронима (Соломенцова) Макарий сформировался как строгий подвижник, обладавший большими организаторскими и административными способностями и рассудительностью. Отличался любовью к богослужению, скромностью и непритязательностью, добротой и милосердием к ближним; от старца Иеронима (Соломенцова) воспринял опыт духовничества и старчества. 27 июля 1868 г. Макарий был возведён в сан архимандрита бывшим Полтавским епископом Александром (Павловичем), совершавшим паломничество на Афон. Престарелый схиархимандрит Герасим, игумен Пантелеимонова монастыря, назначил Макария своим преемником «как способнейшего в духовном и внешнем управлении». 15 октября 1869 г. на собрании старшей братии Макарий был официально признан преемником игумена (Отдел рукописей Российской национальной библиотеки). В 1874–1875 гг. Макарий находился в Константинополе как участник так называемого греко-русского пантелеимоновского процесса, в ходе которого «многие из греков, братий монастыря, заявили свои исключительные права на Русский монастырь». Выяснялись права и положение греческой и русской частей братства Пантелеимонова монастыря и условия дальнейшего их проживания и деятельности в обители. Разногласия и споры были вынесены на суд Протата и Константинопольского патриарха Иоакима II (Коккодиса). Они прекратились после кончины схиархимандрита Герасима (ум. 10 мая 1875 г.), после чего «наречённый преемник» Макарий был избран игуменом большинством голосов братии. Ввиду сложности ситуации голосование проводилось дважды; повторное голосование совершалось под наблюдением патриарших экзархов и уполномоченных Протата.