Избрание Макария подтверждено в сентябре 1875 г. сигиллионом патриарха Иоакима II (Коккодиса). 26 сентября 1875 г. Макарий был «произведён во игумена» в присутствии патриарших экзархов митрополитов Никейского Иоанникия (Константинидиса) и Деркского Иоакима (Крусулудиса), членов Протата и священноначалия афонских обителей. При Макарии в Пантелеимоновом монастыре велась разносторонняя созидательная деятельность. Продолжилась разработка земель метоха (имения) Крумица под виноградники и сады, велось строительство хозяйственных служб и помещений для братии, которая к середине 1880 гг. насчитывала до сотни человек. Сооружён большой храм в честь Казанской иконы Божьей Матери (освящён в 1882 г. бывшим Пентапольским митрополитом Нилом), выстроен кладбищенский храм в честь икон Божьей Матери Иерусалимской и Смоленской (1886 г.). На земле Крумицы в 1880 г. начато строительство отшельнических калив, и основана пустынь Новая Фиваида, где при материальной помощи и покровительстве Пантелеимонова монастыря селились беднейшие афонские пустынники (сиромахи) и русские афонцы-келлиоты. В 1884 г. в пустыни был введён устав внутренней жизни, разработанный старцем Иеронимом (Соломенцовым) и подписанный Макарием. К концу 1880 гг. насчитывалось до 220 иноков-фиваидцев, часть из них вела образ жизни отшельнический, часть – общежительный. В пустыни сооружены храм во имя всех преподобных Афонских (освящён в 1883 г. митрополитом Сербским Михаилом (Йовановичем) в сослужении Макария), корпуса келий, в том числе корпус с параклисом в честь Вознесения Господня (освящён Макарием в 1882 г.), больничный корпус с параклисом во имя святых Пантелеимона и Артемия (освящён в 1886 г. бывшим Пентапольским митрополитом Нилом), другие постройки и хозяйственные службы; земля разработана под огороды. Продолжилось восстановление Старого Русика, где были сооружены параклис во имя великомучениц Варвары, Екатерины, Александры, Параскевы и других мучениц (освящён в 1878 г. бывшим Пентапольским митрополитом Нилом); на кладбище рядом с усыпальницей – храм в честь Почаевской иконы Божьей Матери (освящён в 1883 г. бывшим Пентапольским митрополитом Нилом). В 1880 гг. были значительно расширены постройки монастырских метохов (имений) каламарийского (близ Фессалоники) и касандрийского (на полуострове Касандра), снабжавших обитель продуктами питания. На подворье Пантелеимонова монастыря в Константинополе в 1879 г. освящён храм во имя великомученика Пантелеимона; основано подворье в Одессе. Оба подворья оказывали помощь паломникам по святым местам православного Востока. Активно развивалась книгоиздательская и просветительная деятельность подворья Пантелеимонова монастыря в Москве, была выстроена новая часовня во имя великомученика Пантелеимона (освящена в 1883 г. Можайским епископом Мисаилом (Крыловым)), в 1879 г. за Пантелеимоновым монастырём официально утверждён под подворье дом с земельным участком и постройками на нём на ул. Большая Полянка. Новоафонский во имя апостола Симона Кананита монастырь, в 1875 г. основанный Пантелеимоновой обителью, в 1879 г. был официально утверждён как «отрасль» своей обители-матери; начались его интенсивное строительство, культурная разработка земельных владений и организация внутренней жизни в соответствии с афонской традицией.