Открытие школы для абхазских мальчиков, действовавшей при монастыре с 1876 г. наряду с другими видами просветительной и культурной деятельности способствовало христианскому просвещению Абхазии. 2 марта 1885 г. «Высочайше утверждена» передача Новоафонскому монастырю храма в честь Успения Пресвятой Богородицы в Пицунде с большим земельным наделом, при церкви открыт Пицундский скит. В Санкт-Петербурге основано подворье Новоафонского монастыря с храмом, главный престол которого (в честь Иверской иконы Божьей Матери) освящён в 1888 г. Санкт-Петербургским митрополитом Исидором (Никольским) в сослужении Ладожского епископа Митрофана (Невского), новоафонского иеросхимонаха Иерона (Носова; с 1889 г. – схиархимандрит) и др. Макарий находился в постоянной переписке с братией, которая несла послушание вне Афона; регулярно осматривал афонские владения монастыря, в частности Крумицу, и совершал богослужения, лично контролировал все сферы внутренней жизни обители; заботился об аскетическом воспитании братии в афонских общежительных традициях; принимал участие в составлении «Устава Русского на Афоне святого великомученика и целителя Пантелеимона общежительного монастыря». Для братии Макарий стал примером монашеской жизни. По свидетельству современников, ежедневное совершение литургии и причащение Святых Таин было потребностью его души. О нём отзывались как о «великом, истинном подвижнике, достойном древних времён монашества», «одном из величайших аскетов» своего времени. Активную богослужебную жизнь и духовничество Макарий сочетал с пастырской и проповеднической деятельностью; обращался к братии с наставлениями, в частности, с такими, как «Слово против празднословия и любопытства», «Слово о том, чтобы во время поминовения имён не выходить из церкви, при выходе из церкви не разговаривать и не в указанное время не садиться в церкви», и др. В период игуменства Макария обитель достигла полного всестороннего расцвета и высокого духовного преуспеяния братии. Сергей Васильевич Керский отмечал в 1886 г.: «Руссик – лучший монастырь на Афоне по своему внутреннему строю». Влияние Пантелеимонова монастыря на афонскую жизнь было чрезвычайно велико. Старец-духовник Иероним (Соломенцов) и Макарий (Сушкин) уделяли большое внимание состоянию всего русского афонского монашества, защищали интересы русских афонцев, способствовали решению возникавших у них вопросов, неоднократно ходатайствовали о различных нуждах афонцев (как славян, так и греков) перед российским посольством в Константинополе и государственными лицами (Государственный архив Российской Федерации), помогали советами и выступали посредниками при улаживании разногласий в среде русских иноков (например, в Андреевском скиту в 1878–1879 гг.), между русскими обителями и их кириархическими (господствующими) монастырями (так называемое дело Ильинского скита) и т.д. С деятельностью Макария (Сушкина) и Иеронима (Соломенцова) во многом связано значительное увеличение в конце XIX – начале XX вв. числа афонских насельников – выходцев из России. Так, в середине 1880 гг. в обители насчитывалось около 800 человек. При Макарии Пантелеимонов монастырь посетили: великий князь Константин Константинович Романов – в 1881 г., российский посол в Константинополе Александр Иванович Нелидов – в 1884 г., Сербский митрополит Михаил (Йованович) – в 1883 г., Люблинский епископ Модест (Стрельбицкий) – в 1884 г. Великая княгиня Александра Петровна останавливалась у берегов Афона в 1881 г.; её духовник протоиерей Василий Лебедев посетил обитель.