Во время тюремного заключения Томас Мор завершил два небольших религиозных сочинения, начатые ещё на свободе, которые посвящены размышлениям о страданиях Иисуса Христа и о евхаристии: «Рассуждение о Страстях Христовых» («Treatise on the Passion», 1534 г.) и «Рассуждение о принятии благословенного Тела Христова» («A Treatise to Receive the Blessed Body», 1535 г.). Помимо этого в тюрьме он успел написать ещё два сочинения: «О печали Христа» («De Tristitia Christi», 1535 г.) – трактат посвящён теме Гефсиманского борения Иисуса Христа; «Диалог об утешении в страдании» («A Dialogue of Comfort Against Tribulation», 1535 г.) – трактат на английском языке, содержащий глубокие и проникнутые духом христианского смирения и надежды размышления о значении переносимых страданий для духовного возрастания христианина. Написанные Томасом Мором в тюрьме краткие заметки религиозного характера и молитвы были впоследствии изданы под общим названием «Наставления и молитвы» («Instructions and Prayers», 1535 г.). Томас Мор также вёл переписку со старшей дочерью и с некоторыми друзьями; сохранившиеся письма на латинском и английском языках исследователи считают не только важными историческими документами, но и шедеврами эпистолярного жанра. Судебный процесс над Томасом Мором состоялся 1 июля 1535 г. Томас Мор настаивал на том, что никогда не высказывался ни положительно, ни отрицательно о главенстве короля в Церкви Англии, а сохранял молчание по этому вопросу, поэтому не может быть обвинён в измене. Однако против него было выставлено свидетельство королевского прокурора Ричарда Рича, который заявил, что в беседе с ним Томас Мор прямо отверг главенство короля в Церкви Англии. После этого свидетельства судьба Томаса Мора была решена. Согласно приговору, Томас Мор был признан виновным в государственной измене и подлежал унизительной и мучительной казни, которой подвергались изменники. После оглашения приговора Томас Мор смог открыто заявить о своих убеждениях; он подтвердил верность католическому учению о церкви и осудил церковную реформу короля Генриха VIII как противоречащую законам Бога и Его церкви. По решению короля из уважения к прошлым заслугам назначенная Томасу Мору ранее позорная казнь была заменена отсечением головы. 6 июля 1535 г. приговор был приведён в исполнение в Тауэре в присутствии немногочисленных свидетелей. Согласно сообщениям очевидцев, на пути к эшафоту Томас Мор произнёс ставшую знаменитой фразу: «Я умираю хорошим слугой короля, но в первую очередь – Бога».