Ему вменялся в вину «заговор» с монахиней Элизабет Бартон (около 1506 – 1534 гг.), пророчившей гибель королю в случае его женитьбы на Анне Болейн. В письмах на имя короля и Томаса Кромвеля Томас Мор отверг все обвинения. Авторитет Томаса Мора и его популярность в это время были столь высокими, что советники уговорили короля исключить его имя из списка подозреваемых; при этом Элизабет Бартон была признана виновной и впоследствии казнена. Томас Мор воспринял эту неудачную попытку осудить его как последнее предупреждение; он понимал, что король не позволит ему свободно высказывать противоречащие его религиозной политике мнения и пойдёт на самые крайние меры, чтобы сломить его сопротивление. Письма Томаса Мора этого времени свидетельствуют, что он был готов умолкнуть и не выражать свои взгляды публично, однако идти против совести и признавать осуществлённую королём церковную реформу, в рамках которой Церковь Англии была объявлена независимой от католической церкви и папы Римского, а её земным главой был назван английский монарх, Томас Мор не был готов ни при каких условиях. Ещё более опасная ситуация сложилась для него после того, как в начале 1534 г. парламент принял новый «Акт о наследовании». В этом законе отвергались любые права папы Римского, касающиеся заключения или расторжения брака английского короля. К «Акту…» прилагался текст присяги, которую обязан был принести любой подданный по требованию короля. Присяга предполагала принятие всех положений «Акта…», т.е. нового порядка престолонаследия, связанного с разводом и повторным браком короля, а также содержала формулу отречения от папской власти, равно как и от власти всякого иностранного государя. Отказ от присяги квалифицировался как государственная измена. 13 апреля 1534 г. по указанию короля Томас Мор был вызван для принесения присяги и перед лицом комиссии отказался это сделать без объяснения причин; его подлинным мотивом, как следует из его позднейших объяснений, была недопустимость для него как для католика отказа от признания власти папы Римского над всей христианской церковью. 17 апреля 1534 г. Томас Мор был заключён в Тауэр по обвинению в упорном неповиновении королевской власти. В конце того же года парламент принял «Акт о супрематии», объявлявший короля верховным главой Церкви Англии, и «Акт об измене», квалифицировавший как государственную измену широкий перечень различных деяний, прямо или косвенно направленных против короля. На основании последнего документа против Томаса Мора было выдвинуто новое обвинение.