В период его канцлерства были сожжены четыре еретика; хотя нет свидетельств того, что Томас Мор лично присутствовал при этих казнях, он не мог не знать о них. В число административных мер, которые инициировал или одобрял Томас Мор, входили пресечение импорта в Англию книг Мартина Лютера и других протестантских проповедников, слежка за подозрительными протестантами и обыски у них, арест лиц, имеющих, перевозящих и распространяющих протестантские книги. Томас Мор жёстко пресекал деятельность тех проповедников, которые пользовались переводом Нового Завета на английский язык, подготовленным и изданным Уильямом Тиндалом (около 1494 – 1536 гг.), поскольку считал, что некоторые места Священного Писания в этом переводе интерпретированы в еретическом смысле, а также был уверен в том, что чтение Библии в условиях тайной протестантской пропаганды не принесёт пользы простому народу, а станет источником соблазнов и лжеучений. С марта 1528 г. по поручению своего друга Катберта Танстолла (1474–1559 гг.), епископа Лондонского, Томас Мор занимался систематическим изучением конфискованной властями протестантской литературы. Результатами этой работы стали написанные в период до 1533 г. семь антипротестантских сочинений, первым и наиболее ярким из которых исследователи считают написанный в 1528 г. «Диалог о ересях» («A Dialogue Concerning Heresies»; опубликовано в 1529 г.). В нём Томас Мор обосновывал легитимность и авторитетность власти, практик и традиций католицизма как единственной истинной церкви, основанной Иисусом Христом и апостолами. В октябре 1529 г., откликаясь на пользовавшееся популярностью в народе сочинение «Мольба за голытьбу» («Supplication for the Beggars») Саймона Фиша (ум. в 1531 г.), который отрицал чистилище и нападал на католическое духовенство, Томас Мор издал сочинение «Мольба душ» («The Supplication of Souls»). После появления в 1531 г. сочинения «Ответ на Диалог сэра Томаса Мора» («An Answer unto Sir Thomas More's Dialogue») Уильяма Тиндала, который полемизировал с отдельными положениями «Диалога о ересях», Томас Мор написал обстоятельный критический ответ в двух частях «Опровержение Ответа Тиндала» («Confutation of Tyndale's Answer», 1532–1533 гг.), составленный в форме обширного выдуманного диалога между ними. Главной темой сочинения исследователи называют всестороннее рассмотрение вопроса о том, что есть христианская церковь. Томас Мор написал ещё несколько антипротестантских трактатов, менее масштабных и значимых: «Апология» («Apology», 1533 г.) и «Поражение Сэлема и Бизенса» («Debellation of Salem and Bizance», 1533 г.) – оба сочинения направлены против рассуждений о соотношении светской и духовной власти юриста и протестантского проповедника Кристофера Сейнт-Джермана (около 1460 – 1540/1541 гг.); «Ответ на отравленную книгу» («Answer to a Poisoned Book», 1533 г.) – против опубликованного анонимно сочинения «Вечеря Господня» («The Supper of the Lord», 1533 г.), автором которого долгое время ошибочно считался Уильям Тиндал.