Последний иеромонах – Стефан после 1945 г. проживал в деревне Николо-Малица, его могила на Николо-Малицком кладбище находится среди захоронений 1948 г. В октябре-декабре 1941 г. постройки монастыря, оказавшиеся в зоне активных боевых действий, почти полностью были разрушены. После 1945 г. жителей Николо-Малицы правление колхоза «Нива» поселило в кельях братского корпуса (середина XVIII – первая треть XIX вв.). К началу XXI в. ансамбль Малицкого монастыря был почти полностью уничтожен, сохранились полуразрушенный братский корпус и стоящая у дороги перестроенная часовня (вторая половина XIX в.). В 2002 г. трудами настоятеля тверского храма блаженной Ксении Петербургской протоиерея Сергия Дмитриева и прихожан в южном крыле братского корпуса была оборудована часовня во имя Николая Чудотворца, начат ремонт здания. В часовне служили молебны с акафистом Николаю Чудотворцу. У входа на территорию монастыря возвели звонницу. По прошению прихожан Никольского храма деревни Николо-Малица 14 июля 2005 г. клирику Троицкого собора («Белая Троица») иеромонаху Борису (Тулупову) было поручено осуществлять по совместительству служение в бывшем монастыре. 23 июня 2008 г. по решению Синода Малицкий монастырь был открыт, наместником назначен иеромонах Борис (Тулупов). В 2012 г. игумен Борис (Тулупов) стал настоятелем. В 2012 г., спустя 90 лет со дня закрытия обители, впервые в монастыре был совершён монашеский постриг в малую схиму двух иноков. Восстановлен братский корпус, колокольня, трапезная с открытой арочной галереей, ограда с четырьмя угловыми башнями. Возведён двухпрестольный Покровский храм (по образцу храма Положения пояса Пресвятой Богородицы монастыря Ватопед), первая литургия в котором совершена 3 июня 2012 г., в день Святой Троицы. После 1917 г. почти все реликвии, переданные П.И. Шуваловым, были разграблены. После окончания Великой Отечественной войны верующие, тайно сохранившие икону Николая Чудотворца, передали её в храм во имя Святой Троицы («Белая Троица»), единственный действовавший в Калинине (ныне Тверь). Летом 2010 г. икона Николая Чудотворца была возвращена в монастырь. К 2016 г. в Малицком монастыре находилась частица мощей Николая Чудотворца в храмовой иконе, ковчеги с частицами мощей Георгия Победоносца, Тверского епископа Арсения, преподобного Саввы Вишерского. Городское Николо-Малицкое кладбище расположено на земле, ранее принадлежавшей монастырю. В 1945–1971 гг. здесь были похоронены три архиерея и шесть пресвитеров. На том же кладбище находится могила иеромонаха Стефана (Соколова; ум. в 1947 г.), последнего насельника закрытого монастыря. Подворьями Малицкого монастыря являются Жёлтиков в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь, Могилёвская в честь Успения Пресвятой Богородицы пустынь Кувшиновского района Тверской области, Нектариева в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы пустынь Калининского района, Отмицкий (Вотмицкий) в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь Калининского района, Саввин Сретенский монастырь Калининского района, Тутанский Вознесенский монастырь Калининского района, тверской Черкасский во имя Димитрия Солунского монастырь. С 2000 г. Тверским союзом православных мирян совершается ежегодный крестный ход по берегам реки Тьмы, в маршрут которого входят в том числе древние монастыри, являющиеся подворьями Малицкого монастыря.