Главной святыней Малицкого монастыря считалась икона Николая Чудотворца, обретённая после пожара (около 1675 г.). Образ был написан на холсте, наклеенном на доску 5,5 вершка длиной и 4,5 – шириной (24,5×20 см). По сторонам от поясного образа Николая Чудотворца на полях изображены страстотерпцы Борис и Глеб. Икона прославилась многочисленными исцелениями среди жителей не только окрестных селений, но и Твери. По преданию, когда один из игуменов, желая сэкономить масло и опасаясь пожара, запретил по ночам возжигать перед иконой лампаду, ему явился Николай Чудотворец и обещал, что не оставит обитель без покровительства. К началу XX в. перед иконами Николая Чудотворца в монастыре (в соборе и в часовне) горели две неугасимые лампады. По завещанию графини М.Е. Шуваловой её муж передал Малицкому монастырю больше 250 семейных реликвий, в том числе икон, частиц мощей, благодаря чему обитель стала местом паломничества. Первым его даром монастырю стала золотая риза с драгоценными камнями, украшавшими «образ чудотворца святителя Николая; на нём венец... в короне в двух запонах, и в двух крестах на омофоре, на Евангелии и на двух по сторонам святых Бориса и Глеба в коронах алмазов сорок, над короною крестик сребреной позлащенной, в середине коего винюса, по краям четыре изумруда, под оным в короне восточный хрусталь, по правую сторону аметист, на Евангелии в средине изумруд, выше онаго и ниже два простых белых камней, в короне в венце и по другим местами красных и других цветов яхонтов… сорок четыре» (Государственный архив Тверской области). Среди других даров Шуваловых – Казанская икона Божьей Матери в позолоченном серебряном окладе с алмазами и самоцветами, серебряный вызолоченный ковчег со створками, в котором под слюдой помещены частицы мощей 77 святых; Иверская икона Божьей Матери с частицами мощей 18 святых; под прозрачной слюдой в серебряном ковчеге имелись частицы Креста Господня, камня от Гроба Господня, мощей святых Иоанна Предтечи, апостолов Матфея, Луки, Андрея Первозванного, Иакова, брата Господня, святителей Николая Чудотворца, Иоанна Златоуста, Арсения Тверского и др. П.И. Шувалов передал в Малицкий монастырь и мозаичный Нерукотворный образ Спасителя, созданный Михаилом Васильевичем Ломоносовым (Исторический музей). В ризнице было большое Евангелие с серебряными застёжками, изготовленное графом П.И. Шуваловым для вечного поминовения супруги. Особой святыней был золотой крест с изображением на финифти распятого Спасителя, Пресвятой Богородицы, апостола Иоанна Богослова. В кресте была часть ризы Господней. С 10 июля 1759 г. в монастыре особо торжественно отмечали праздник Положение ризы Господней, с водосвятием и крестным ходом. В 1727 г. царевны Прасковья Ивановна и Анна Ивановна подарили обители икону преподобного Кирилла Белозерского (29×27 см), украшенную золотыми узорчатыми листами. 25 декабря 1828 г. дворянка Н.А. Бородина пожертвовала чеканный серебряный вызолоченный крест (15,6×13,3 см) с 72 частицами мощей святых. Их имена были написаны на задней стороне креста, а лики «иконным писанием» изображены на деревянной доске, в которую был встроен крест. В обители также хранились «древняя» икона Божьей Матери «Троеручица» в басменном окладе (утрачена), устав обители 1547 г., «писанный не одною рукою» (утрачен), рукописное Евангелие 1566 г. (утрачено). С середины XVIII в. в Москве 10 июля, в день празднования Положения ризы Господней, совершали водосвятный молебен и крестный ход вокруг обители. С 1829 г., после строительства Никольской часовни на шоссейной дороге и перенесения в неё резного образа Николая Чудотворца, ежегодно 9 мая из обители крестный ход направлялся в часовню. По указу Синода от 2 ноября 1862 г. в память избавления Твери от эпидемий и пожаров 1860–1861 гг. ежегодно 9 мая совершался крестный ход с образом Николая Чудотворца из Малицкого монастыря в Тверь, сначала в Знаменскую церковь, с 1901 г. в Никольскую церковь.