С 1613 г. Малицкий монастырь возглавляли, в основном, игумены, с середины XVIII в. – строители. Первым из известных исследователям настоятелей был строитель иеромонах Феодосий, в 1615 г. обращавшийся с челобитной к царю Михаилу Фёдоровичу Романову об утверждении за монастырём четырёх пустошей. Среди настоятелей наиболее почитаем Даниил (Чижов; 1812–1897 гг.), духовный сын Можайского епископа Саввы (Тихомирова), 12 марта 1880 г. возглавивший Малицкий монастырь, в 1884 г. возведённый в сан игумена, в 1889 г. – в сан архимандрита, в 1895 г. награждённый орденом святой Анны третьей степени. Архимандрит Даниил (Чижов) вёл строгую подвижническую жизнь и успешно занимался хозяйством обители. Единственным источником средств существования Малицкого монастыря был крестный ход в Тверь с иконой Николая Чудотворца. В 1883 г. по инициативе иеромонаха Даниила (Чижова) время пребывания иконы в Твери было продлено с 21 мая до 1 июня, т.к. многие верующие хотели принять икону в своих домах. Для пополнения монастырских средств архимандрит Даниил (Чижов) построил за оградой дачи-особняки, которые сдавались горожанам на лето. Архимандрит Даниил (Чижов) был духовным попечителем и законоучителем церковноприходской школы, окормлял сестёр тверского в честь Рождества Христова монастыря. Похоронен у западного входа в соборный храм Всемилостивого Спаса с правой стороны. По описи 1720 г., в пяти кельях проживали три иеромонаха, иеродиакон, четыре монаха-клирошанина, пять монахов. В 1764 г. Малицкий монастырь получил статус заштатной необщежительной обители, в которой могли проживать семь насельников (настоятель, три иеромонаха, иеродиакон и два послушника), им ежегодно отпускалось из казны по 300 руб. ассигнациями. Но число братии и послушников обычно составляло 8–14 человек. В 1917 г. в штат Малицкого монастыря входили настоятель, четыре иеромонаха, два иеродиакона, монах, два послушника – все по происхождению из крестьян или мещан, за исключением одного иеромонаха, принадлежащего по рождению к духовному сословию.