Михаил занимался решением проблемы: успокаивал верующих, добился от местных властей проведения качественного ремонта нового здания Пантелеимоновского храма. В условиях продолжавшейся антицерковной кампании был вынужден прекратить поддерживать монастыри денежными переводами и продуктовыми посылками, ему также пришлось соглашаться на снятие властями с должностей священнослужителей, хотя он прямо называл подобные действия «незаконными репрессиями». Тем не менее, Михаил старался компенсировать негативные последствия вмешательства советских властей в церковную жизнь. В частности, чтобы не допустить закрытия 18 храмов, оставшихся без священников, Михаил направлял туда на праздничные службы заштатных иереев или священников из соседних приходов. Также принимал меры к тому, чтобы уволенные священники получили места в других епархиях. Архиерей еженедельно проводил службы в кафедральном соборе Ставрополя, регулярно (не менее одного раза в год) посещал крупные города епархии: Баку, Грозный, Орджоникидзе (ныне Владикавказ), Нальчик, Моздок, Кисловодск, Ессентуки, Пятигорск, Черкесск и др.; поощрял занятия священников научно-богословской и проповеднической деятельностью, часто выступал с проповедями, некоторые из них были опубликованы в «Журнале Московской Патриархии». Михаил собирал материалы о жизни Кавказского и Черноморского епископа Игнатия (Брянчанинова), на основе которых прочитал лекцию в Ленинградской духовной академии и подготовил статью в «Журнал Московской Патриархии». Уполномоченный Совета по делам РПЦ по Ставропольскому краю А.М. Нарижный отметил в докладе, что Михаил – это «ревностный, усердный и умный представитель церковной верхушки, готовый всё сделать, чтобы приспособиться к условиям времени, сохранить, а где удастся, то и укрепить положение церкви». 25 февраля 1965 г. Михаил был возведён в сан архиепископа. С 20 августа по 8 октября 1966 г. также временно управлял Краснодарской епархией. 7 октября 1967 г. назначен членом редакционной коллегии журнала «Богословские труды», а в 1968 г. – членом Синодальной комиссии по разработке каталога тем для Всеправославного Предсобора (руководил работами по первому разделу «Вера и догмат»). 27 февраля 1968 г. назначен архиепископом Воронежским и Липецким. Ухудшение здоровья заставило Михаила почти прекратить в эти годы поездки по приходам епархии. Тем не менее, он старался усилить учёт епархиальных финансов, поощрял деятельных пастырей, укреплял церковную дисциплину; по его инициативе был проведён капитальный ремонт кафедрального Покровского собора Воронежа. Однако пребывание на Воронежской кафедре стало для Михаила одним из самых тяжёлых периодов его жизни; по его словам, он «нигде не наблюдал такой вражды и такой злобы, как в Воронежской епархии». Причиной этому была приходская реформа, навязанная Русской церкви в 1961 г., после которой на административные должности в приходские советы («исполнительные органы» в советской терминологии) пришли нецерковные люди, тесно связанные с местными властями. Михаилу пришлось противостоять попыткам сильного давления со стороны своих противников в приходских советах, поддерживаемых властями. Дело дошло до того, что накануне дня тезоименитства Михаила в его доме были выбиты стёкла, а ворота измазаны машинным маслом. Уполномоченный Совета по делам религий по Воронежской области М.А. Шибанов обвинял Михаила в «поддержке наиболее фанатично-реакционных священников и состава исполорганов, и наоборот, в неприязни, ущемлении и дискредитации лояльно и прогрессивно настроенных служителей культа и исполорганов».