5 марта 1959 г. Михаил был освобождён от должности заместителя председателя Отдела Внешних Церковных Сношений и назначен епископом Ижевским и Удмуртским. Служение Михаила на Ижевской кафедре совпало с проведением в стране по инициативе Никиты Сергеевича Хрущёва очередной антицерковной кампании. Уполномоченный Совета по делам РПЦ в Удмуртской АССР Д.М. Шестаков препятствовал деятельности архиерея по налаживанию церковной жизни в епархии: украшению и ремонту храмов, улучшению жилищных условий священнослужителей, устройству церковных хоров. Из-за снятия с регистрации неугодных уполномоченному иереев и отказа в регистрации новых священников, несмотря на протесты Михаила и его обращения в патриархию и Совет по делам РПЦ, в епархии в 1959–1962 гг. были закрыты семь храмов из 29. В местной печати о правящем архиерее были опубликованы несколько «разоблачительных» статей с грубыми нападками в его адрес. Михаилу предъявлялись обвинения в нарушениях советского законодательства о религиозных культах, «граничащих с уголовным наказанием». Д.М. Шестаков добивался увольнения Михаила с Ижевской кафедры и упразднения Ижевской и Удмуртской епархии. В сентябре 1960 г., чтобы защитить епархию от нападок местных властей, Михаил специально ездил в Москву, но руководство Совета по делам РПЦ встало на сторону своего уполномоченного в Удмуртии. 16 марта 1961 г. патриарх Московский и всея Руси Алексий I (Симанский) под нажимом Совета по делам РПЦ был вынужден уволить Михаила за штат. Однако Ижевская епархия сохранила епархиальное управление и не была упразднена, хотя в дальнейшем она управлялась архиереями соседних епархий. С 29 марта 1961 г. Михаил исполнял обязанности временного управляющего Тамбовской и Мичуринской епархией в помощь тяжело больному архиепископу Иоасафу (Журманову). 13 июня того же года в Симферополе возглавил отпевание и организовал, несмотря на сопротивление местных властей, всенародные похороны почившего Симферопольского и Крымского архиепископа Луки (Войно-Ясенецкого), с которым поддерживал при его жизни доверительные дружеские отношения. 8 августа того же года, после ухода архиепископа Иоасафа (Журманова) на покой, Михаил был утверждён епископом Тамбовским и Мичуринским. Он установил себе очень скромную зарплату, жил в маленьком доме. Часто объезжал храмы епархии, старался помочь приходам с малыми доходами, восстановил четыре из шести ранее существовавших благочиннических округов; несмотря на сопротивление уполномоченного Совета по делам РПЦ, решительно увольнял со службы недостойных священников. 16 ноября 1962 г. назначен епископом Ставропольским и Бакинским. В начале архиерейского служения Михаила в Ставрополе произошло закрытие властями кафедрального Крестовоздвиженского собора при упразднённой в 1960 г. Ставропольской духовной семинарии (на старом архиерейском подворье). Новым кафедральным собором Ставрополя стал в 1963 г. возвращённый церкви Андреевский храм, благоустройство которого потребовало больших усилий, т.к. власти передали здание в плохом состоянии. В 1965 г. в Кисловодске местные власти, несмотря на протесты верующих, отобрали здание Пантелеимоновской церкви, взамен было выделено не приспособленное к совершению богослужений помещение в отдаленной части города. Прихожане передали протест в высшие государственные инстанции, «кисловодское дело» обсуждалось в переписке патриарха Алексия I (Симанского) с руководством Совета по делам РПЦ.