16 ноября 1953 г. Синод РПЦ принял решение назначить священника М.А. Чуба епископом Лужским, викарием Ленинградской епархии в помощь Ленинградскому и Новгородскому митрополиту Григорию (Чукову) по управлению русскими приходами и монастырями Финляндии после пострижения в монашество и возведения в сан архимандрита. 4 декабря 1953 г. принял монашеский постриг с именем Михаил в честь архангела Михаила, возведён в сан архимандрита. 13 декабря того же года Ленинградский и Новгородский митрополит Григорий (Чуков) возглавил архиерейскую хиротонию Михаила в Никольском морском соборе Ленинграда. За короткое время работы в Финляндии сумел много сделать для монахов-старцев бывшего Валаамского монастыря, заслужив их искреннюю признательность. Продолжал научную и преподавательскую деятельность в Ленинградской духовной академи. С 1954 г. Михаил – постоянный автор «Журнала Московской Патриархии», где опубликовал больше тридцати работ различной тематики. 11 ноября 1954 г. Михаил был освобождён от управления патриаршими приходами и монастырями в Финляндии и назначен викарным епископом Старорусским в помощь Ленинградскому митрополиту в управлении Новгородской частью епархии. 1 февраля 1955 г. назначен епископом Вяземским, викарием и временным управляющим Смоленской епархией, был освобождён от преподавания в Ленинградской духовной академии. Михаил ходатайствовал о предоставлении ему возможности завершить курс лекций в Ленинградской духовной академии, что было разрешено. 5 апреля того же года назначен епископом Смоленским и Дорогобужским. Начало деятельности Михаила в Смоленске привело к заметной активизации там церковной жизни. Стали не реже, чем еженедельно, совершать архиерейскую службу в кафедральном соборе; за короткий срок Михаил посетил многие приходы в Рославле, Вязьме, Гжатске; в епархии был усилен финансовый контроль. Архиерейское служение в Смоленской епархии Михаил совмещал с научной богословской работой и международной деятельностью. В июле 1956 г. возглавлял делегацию РПЦ на богословской православно-англиканской конференции в Москве. 15 августа 1957 г. назначен правящим епископом новоучреждённой Берлинской и Германской епархии с оставлением в должности управляющего Смоленской епархией. Вскоре также занял должность заместителя председателя Отдела Внешних Церковных Сношений; участвовал во встречах с представителями различных христианских конфессий, был в составе делегации Московской патриархии на первой официальной встрече с представителями Всемирного Совета Церквей в августе 1958 г. в Утрехте (Нидерланды). Из-за большой загруженности международной деятельностью у Михаила оставалось не так много времени на работу в Смоленской епархии (в частности, пришлось сократить посещения приходов), однако в Смоленске ему удалось организовать масштабную художественную реставрацию кафедрального собора в честь Успения Пресвятой Богородицы. Успенскому собору и хранившейся в нём плащанице XVI в. Михаил посвятил статьи в «Журнале Московской Патриархии». В соборе стали проводить экскурсии как для иностранных туристов, так и для жителей Смоленска, в том числе учащихся старших классов, что вызвало недовольство представителей местных властей, по их требованию экскурсии были прекращены.