Хиротонию нового митрополита по просьбе властей совершили иерархи Карловацкой митрополии. Непокорные епископы Белградской митрополии были удалены с кафедр, на кафедры поставили новых епископов, некоторые епархии указом короля в 1886 г. были упразднены. После отстранения Михаил полтора года жил в предместье Белграда фактически под домашним арестом. С разрешения сербских властей 11 апреля 1883 г. он уехал в Стамбул, где Константинопольский патриарх Иоаким III принял его как канонического предстоятеля Сербской православной церкви. Также он посетил Святую землю, два месяца прожил в афонском монастыре Хиландар и через Болгарию и Румынию летом 1884 г. прибыл в Россию. Михаил жил то в Киево-Печерской лавре, то на Сербском подворье в Москве, посещал Санкт-Петербург и другие города, где его встречали с большим почётом. Находясь фактически в изгнании, продолжал заниматься устройством сербских студентов в российские вузы, решал некоторые церковные вопросы, во время сербо-болгарской войны 1885 г. просил политиков России оказать Сербии поддержку. В 1887 г. Королевство Сербия назначило Михаилу пенсию. В январе 1889 г., после отречения короля Милана Обреновича от престола в пользу несовершеннолетнего сына Александра, в сербском обществе был сразу поднят вопрос о необходимости возвращения Михаила на Белградскую митрополию. По приглашению правительства в мае он триумфально вернулся в Белград. 26 мая митрополит Феодосий (Мраович) в сопровождении Жичского  епископа Никанора (Ружичича; впоследствии епископ Нишский) и Нишского  епископа Димитрия (Павловича; впоследствии Сербский патриарх) посетил Михаила и передал ему дела митрополии; перед визитом они подали прошения об отставке, которые были удовлетворены правительством. 28 мая вышел государственный указ о возвращении Михаила на Белградскую митрополию. Михаил принял активное участие в разработке нового закона о церковных властях, в бурное обсуждение которого были вовлечены духовенство, правительство, скупщина и все политические партии Сербии. Хотя закон «О церковных властях восточноправославной Церкви» и был принят 27 марта 1890 г. при формальном согласии митрополита, но светские власти по-прежнему управляли делами церкви. Закон провозгласил православие государственной религией королевства, митрополит избирался архиерейским Собором (в составе всех епископов), но при участии государственных чиновников и с последующим утверждением избранного кандидата королём; король одобрял кандидатуру для избрания епископом, а после хиротонии издавал указ о назначении епископа на кафедру. Митрополит и епископы приравнивались к чиновникам, им выплачивалось жалование, ежегодно они должны были подавать отчёты министру просвещения, для поездки за границу им необходимо было получить разрешение короля. Также закон зафиксировал деление Белградской митрополии на пять епархий (Белградскую, Жичскую, Нишскую, Будимскую и Тимокскую). Михаил был членом Общества сербской словесности (1857 г.), Общества освобождения африканских рабов (1862 г.), Алтайской миссии (1866 г.), почётным членом Санкт-Петербургского (1869 г.) и Московского университетов (1871 г.), Общества Красного Креста (1871 г.), Общества христолюбивых в Афинах (1876 г.), Сербской Королевской академии (1892 г.). Оставил большой научный и книжный архив, писал богословские и исторические труды, составлял учебники, вёл путевые дневники. Также занимался гимнографией и составлял службы славянским святым, например, равноапостольным Кириллу и Мефодию, преподобному Стефану Пиперскому и Петру Цетинскому. Издал сборник служб сербским святым «Сербляк» (1861 г.), который дополнил службами ещё десятка сербским святым. Похоронен в Соборной церкви в Белграде.