Михаил мечтал об освобождении балканских славян от османского ига и поддерживал внешнеполитическую программу Сербии, сформулированную в 1844 г. и предполагавшую, что княжество Сербия (с 1882 г. – Королевство Сербия) возглавит борьбу против Османской империи с целью создания впоследствии единого государства, в состав которого также войдут Черногория, Македония, Босния и Герцеговина, земли Далмации и Хорватии. Для подготовки духовенства для этих земель (прежде всего, Боснии и Герцеговины, Косово и Метохии, а также Болгарии) по его инициативе в 1873 г. в Белградской семинарии открылось иностранное отделение, в первый же учебный год оно насчитывало 61 ученика. Михаил оказывал финансовую и иную помощь семинарии в Призрене (Косово и Метохия), открытой в 1871 г. Благодаря его поддержке в 1886 г. открылась семинария в Баня-Луке (Босния и Герцеговина). Михаил пытался убедить Константинопольскую патриархию в необходимости рукополагать сербов во епископов епархий бывшей Печской патриархии, расположенных в Старой Сербии, где проживали как сторонники Константинопольской патриархии, так и Болгарского экзархата. В освобождённые от османской власти области он посылал синкеллов, например, в 1876 г. во Вране направил архимандрита Фирмилиана (Дражича) с целью изучить ситуацию, поддержать местное священство, передать в храмы облачения, церковные и светские книги. Впоследствии добился назначения на Рашско-Призренскую и Скендерийскую (1896 г.) и на Скопскую (1897 г.) митрополии митрополитов-сербов – Дионисия (Петровича) и Фирмилиана (Дражича). Используя добрые отношения с Константинопольской патриархией и многими болгарскими иерархами, Михаил пытался способствовать решению греко-болгарского церковного конфликта – так называемой болгарской схизмы, вызванной учреждением в 1872 г. Болгарского экзархата (см. в ст. Болгарская православная церковь). Михаил видел в этом конфликте столкновение панэллинистической идеи, поддержанной Королевством Греция и лишавшей Константинопольскую патриархию возможности пойти на компромисс, и болгарского национализма, сторонники которого стремились включить в состав Экзархата как можно больше территорий. Он признавал, что создание Экзархата не было каноническим, т.к. произошло по решению не Матери-Церкви, а османского султана, но при этом допускал, что Константинополь мог поставить в епархиях с болгарским населением митрополитов-болгар. В целом он поддерживал деятельность Экзархата, но считал, что в его состав должны войти только территория Княжества Болгария и Восточная Румелия. Михаил считал, что главная роль в освобождении балканских славян должна принадлежать России. Ещё во время учёбы в Киеве он познакомился со многими российскими дипломатами, общественными и церковными деятелями, представителями аристократии, с большинством из них поддерживал переписку. В многочисленных письмах часто объяснял позиции Сербии по различным политическим вопросам, сообщал о положении в государстве, просил решить какие-либо вопросы или оказать помощь. Благодаря его усилиям Россия приветствовала принятие новой Конституции Сербии (1869 г.). В 1871 г. Михаил сопровождал князя Милана Обреновича в Ливадию, где тот, несмотря на дипломатический протокол, прежде встретился с российским императором, а не с османским султаном.