Несколько лет Михаил добивался устройства в Москве Сербского подворья, торжественное освящение которого состоялось 30 ноября 1874 г. при храме святых Кира и Иоанна на Солянке. Деятельность подворья способствовала укреплению российско-сербских отношений. Михаил был членом Славянского благотворительного общества (создано в 1858 г. в Санкт-Петербурге), после начала антитурецкого восстания в Боснии и Герцеговине и Балканского кризиса 1875–1878 гг. активно участвовал в работе тайного Главного комитета по освобождению сербов Османской империи, был председателем Главного комитета поддержки восстания (Белград, 1875 г.), Комитета защиты христиан в Турции, почётным членом Лиги помощи христианам Турции и председателем Красного Креста Сербии. Для работы в Международном комитете помощи беженцам из Боснии и Герцеговины (основан в 1875 г.) пригласил хорватского католического епископа Йосипа Юрая Штроссмайера. Михаил занимался сбором средств и направлением добровольцев для участия в восстании в Боснию и Герцеговину. В 1876 г. ездил в Санкт-Петербург, чтобы добиться выделения Сербии кредита и командирования русских офицеров для инструктирования сербских военных. После Берлинского конгресса и аннексии Боснии и Герцеговины Михаил пытался защитить интересы её православных жителей и передать участникам конгресса меморандум христианских лидеров этого региона. Благодаря дружеским отношениям Михаила с Константинопольским патриархом Иоакимом III (Деведзисом), которому он постоянно выражал почтение и преданность, 20 октября 1879 г. Сербская православная церковь получила долгожданную автокефалию. Но это, скорее, привело к политическому укреплению Княжества Сербия, чем к повышению авторитета церкви. Отношения Михаила с сербскими властями осложнились после его отказа поддержать внешнеполитический курс княжества, ориентированный на Австро-Венгрию, и изменения сербских планов относительно территории Боснии и Герцеговины. В 1881 г. был принят закон «О сборах» (таксах), вводивший выплату государству пошлин за рукоположения иерархов, пострижение в монашество и другие церковные назначения. Михаил безуспешно просил министра просвещения и церковных дел Стояна Новаковича отменить этот закон. 21 сентября архиерейский Собор отказался признать закон, т.к. он был принят с нарушением установленных процедур и противоречил канонам православной церкви. Тогда представители правительства допросили всех иерархов по отдельности и затем обвинили Михаила в неподчинении законам и Конституции Сербии. 18 октября 1881 г. князь Милан Обренович издал указ об отстранении Михаила от управления Белградской митрополией и назначении её временным управляющим Неготинского  епископа Моисея (Вересича). Удаление Михаила с кафедры вызвало протесты со стороны сербского духовенства и бурную реакцию в России, но это не повлияло на сербские власти. 31 декабря 1882 г. был принят закон «Об изменениях и дополнениях в закон “О церковных властях православной веры”», который позволил правительству полностью сменить всю иерархию Белградской митрополии. 20 марта 1883 г. новым митрополитом Сербским был избран архимандрит Феодосий (Мраович). Это произошло при участии семи духовных и девяти светских лиц, ни один епископ на заседания выборного Собора не прибыл.