Митрополит Евгений (Болховитинов) полагал, что Меркурий – Смоленский епископ, «убиенный от татарского хана Батыя в 1247 г.». Граф Михаил Владимирович  Толстой считал, что Меркурий «жил в XIII в. и вместе со своею паствою испытал ужасы нашествия Батыя». Того же мнения придерживался и архиепископ Филарет (Гумилевский): «Не сомневаемся, – писал он, – что святой епископ Смоленский Меркурий был тот самый епископ Смоленский, о котором упоминается в летописях при нашествии Батыевом 1238 года без имени его» (церковный историк полагал также, что Меркурий «на смоленской кафедре был преемником блаженного епископа Лазаря... До посвящения в сан святительский подвизался он в Печерской обители, где по примеру других питомцев пещеры нашел себе и последний покой»). Однако, согласно упоминавшемуся списку-помяннику Смоленских владык, преемником Смоленского епископа Лазаря был Афанасий (поставлен в 1225/1226 г.). Афанасий или следующий за ним епископ, Иоанн, видимо, и был Смоленским архиереем времени Батыева нашествия. Архимандрит Леонид (Кавелин) относил Меркурия к Печерским святым, которые «почивают открыто или видимо в Антониевых пещерах»; он также предполагал, что Меркурий умер «в нашествие Батыево в 1239 г.», 1239 г. датировал кончину Меркурия и архиепископ Сергий (Спасский). Но по достоверным историческим сведениям Смоленск Батыем не осаждался; пострадали только некоторые местности Смоленского княжества. Исследователи полагают, что кончина Меркурия относилась церковными авторами XIX в. к 1239 г. из-за параллельно существовавшего почитания святого Меркурия Смоленского, по позднейшей «Повести о Меркурии Смоленском» (списки не раньше XVI в.) воина, погибшего при защите Смоленской земли от монголо-татарского войска. В «Словаре историческом о русских святых» указано, что память Меркурия «совершается в Киево-Печерской лавре 27 августа»; однако архиепископ Филарет (Гумилевский) отмечал, что особого дня памяти Меркурий не имел, его память празднуется одновременно с памятью всех святых, почивающих в Антониевых (Ближних) пещерах, в субботу по отдании праздника Воздвижения Креста Господня; митрополит Евгений (Болховитинов) и епископ Димитрий (Самбикин) указывали день его памяти 24 ноября, она праздновалась одновременно с днем памяти мученика Меркурия Смоленского и преподобного Меркурия Киево-Печерского, почивающего в Дальних пещерах. Празднование Собору преподобных отцов Ближних пещер в первую субботу по отдании праздника Воздвижения Креста Господня было установлено в 1684–1690 гг. при киево-печерском архимандрите Варлааме (Ясинском; впоследствии митрополит Киевский), тогда же была составлена служба Собору; с 1886 г. по благословению митрополита Киевского Платона (Городецкого) празднование Собору совершается 28 сентября. Общецерковное почитание святого установлено указами Синода 1762, 1775 и 1784 гг., согласно которым было разрешено печатать службы Печерским преподобным и вносить их имена (в том числе Меркурия) в общецерковные московские месяцесловы; с 1843 г. совершается празднование Собору Киево-Печерских преподобных отцов и Собору всех святых, в Малой России просиявших.