Учёный справедливо отметил, что крипта с реликвиями (confessio) в источниках не обозначается термином «мартирий» (это ошибочное отождествление восходит к Шарлю Дюканжу), однако исследователи не могут считать термин «мартирий» синонимом термина «церковное здание», т.к. мартирием может быть названа и его часть. Вход в крипту обычно устраивали сбоку, реже – позади престола (например, в Халкопратийской и Студийской базиликах в Константинополе); алтарная часть часто была приподнята, и гробницу в крипте можно было видеть через окошко. Крипта могла иметь апсиду и быть различной формы: центрической, колонного зала (с обходом вокруг апсиды) и др. Крипты-мартирии получили большое распространение, в том числе в Константинополе V в., но, прежде всего, на средневековом Западе. Есть и другие варианты мартирия-базилики рядом с почитаемым местом: базилика (перестроенная в VI в. в купольный храм) рядом с Силоамской купелью в Иерусалиме; базилики с обходом вокруг апсиды у стен Рима; над находящимися «под спудом» мощами великомученика Димитрия в его базилике в Фессалонике; мозаика с надписью над мощами в церкви святого Кандида Трапезундского в Хадере (Израиль). Мартирий-базилика могла воздвигаться и над почитаемыми катакомбами (например, Сан-Лоренцо в Риме). Вариант с мартирием в пастофории (преимущественно южном) получил наибольшее распространение в IV в. в Северной Сирии, где мартирий воспринимался как неотъемлемый атрибут церковного здания наряду с баптистерием (см., напр., надпись: «Церковь с крещальней и мартирием, со всем украшением, воздвигли…»). Такие мартирии отождествляются обычно по надписи или по саркофагу святого с отверстиями для заливания (наверху) и сливания (внизу) освящаемого масла. Мартирий-пастофорий мог отделяться от нефа преградой из плит-экранов (Серджилла, южный храм в Хуарте) или ступенькой (Каср-Иблису, восточный храм в Бехьо, Бамукке, Сирия). Очень часто в мартирии могли помещать лишь частицу мощей святого. Так, только эпиграфически засвидетельствованы три мартирия святого Сергия наряду с его основным мартирием в Русафе (Сергиополе). Аналогичным образом может быть оформлено и частное погребение. Феномен Мартирия-пастофория исследователи изредка встречают и в других областях Востока, в том числе в Негеве и Ликии. Мартирии также бывают пристроенными к храмам, чаще всего базиликальным (хотя исследователям известны и пристроенные к мартирию базилики, например, святого Сальса в Типазе, Алжир). Как и отдельно стоящие, такие мартирии обычно имеют центрическую форму, восходящую к позднеантичным склепам и мавзолеям; мартирии также могут иметь апсиду для евхаристического богослужения (например, Сан-Витторе-ин-Чьель-д'Оро при базилике Сант-Амброджо в Милане).