Относительно успешной была и политика на армянском направлении. Усилия по подавлению движения павликиан не принесли полной победы, но уже очень скоро после воцарения Василию I удалось справиться и с этой проблемой. Отношения с Римом в 857–867 гг. определялись Фотианской схизмой и борьбой между Константинопольской и Римской церквами за влияние в Болгарии, где Фотию I при поддержке Михаила также удалось достичь серьёзных успехов. Как полагают исследователи, Михаил действительно имел склонность перекладывать ведение государственных дел на своих советников, однако обладал способностью подбирать по-настоящему способных государственных деятелей и полководцев. До 855 г. влияния Михаила на внутреннюю политику не было. Однако первые же его самостоятельные действия как императора имели далеко идущие последствия. Феодора была чрезвычайно разгневана убийством Феоктиста. Михаил пытался умилостивить её, но т.к. она оставалась непреклонной, он пришёл в ярость и начал притеснять её, что, в конце концов, и привело к открытому конфликту с патриархом Игнатием (враждебность Михаила по отношению к этому патриарху из источников для исследователей очевидна). Дальнейшие действия Михаил предоставил Варде, который обошёлся с Игнатием и его сторонниками весьма жестоко. В то же время Фотий I всегда поддерживал Михаила, даже после убийства Варды. Константинопольский Собор, осудивший папу Римского Николая I за ересь, в ответ на низложение папой Римским Фотия I, состоялся в августе-сентябре 867 г., когда Василий уже был соправителем. Оставшись же единоличным государем, Василий I немедленно встал на сторону игнатиан, сместил Фотия I и отменил решения Собора. Таким образом, по крайней мере, в этом случае между Михаилом и его преемником были реальные политические разногласия. Исследователи полагают, что если общий источник Псевдо-Симеона, Генесия и Продолжателя Феофана был игнатианской ориентации, это может объяснить изначально враждебное отношение к Михаилу всех трёх текстов. Ко времени единоличного правления Михаила относится реализация некоторых роскошных архитектурных проектов в Константинополе: украшенного новыми мозаиками императорского тронного зала Христотриклина в комплексе Большого дворца в Константинополе, вновь отстроенного города Анкира (ныне Анкара, Турция) и укреплений в городе Никея (ныне Изник, Турция). Великолепные дискос, потир и паникадило, вложенные Михаилом в собор Святой Софии, позитивно упоминает даже Продолжатель Феофана. Археологи обнаружили следы строительной деятельности, относящиеся ко времени правления Михаила во Фракии. В императорском дворце, в зале Магнавра, была основана школа (иногда не вполне корректно описывается как университет), в которой преподавали такие учёные, как Лев Математик. Будущий патриарх Фотий до 858 г. вёл преподавательскую деятельность у себя дома.