Варда потребовал от Константинопольского патриарха Игнатия (847–858; 867–877 гг.) насильно постричь их в монахини. Патриарх не только отказался, но и обвинил Варду в сожительстве с собственной невесткой. Последовало смещение Игнатия с кафедры, которую занял Фотий I (858–867, 877–886 гг.), в результате чего в Константинопольской церкви началась так называемая Фотианская схизма. Новопоставленный патриарх Фотий I был более благожелателен к Михаилу, нежели его предшественник. Так, 18-я гомилия Фотия I, по сути, как  отмечают исследователи, представляет собой Похвальное слово Михаилу, в котором ему приписываются особые заслуги в борьбе с ересями, главным образом, с иконоборчеством. К 865 г. при дворе Михаила усилились позиции (бывшего протостратора) паракимомена Василия (впоследствии император Василий I Македонянин). 21 апреля 866 г., во время похода на Крит, он получил от Михаила согласие на убийство кесаря Варды. 26 мая Михаил короновал Василия соправителем и усыновил его. В ночь на 24 сентября 867 г. сторонники Василия, видимо, при его участии, как полагают исследователи, убили Михаила во дворце святого Маманта под тем предлогом, что он готовил покушение на своего соправителя, желая поставить на его место другого фаворита. Михаил был погребён в монастыре Филиппика в Хрисополе, но в начале своего правления в 886 г. император Лев VI Мудрый торжественно перенёс его останки в собор святых Апостолов в Константинополе и захоронил в герооне Константина. Оценка личности Михаила и его политики представляет для исследователей значительные затруднения. После того как бо́льшая часть рассказов об экстравагантном поведении Михаила, содержащихся в хрониках X в., была отвергнута как тенденциозный художественный вымысел и часть династической македонской пропаганды, обнаружилось, что в источниках сохранилось крайне мало информации о реальных чертах личности Михаила и характере принимаемых им решений. Между тем успехи византийской внешней политики в правление Феодоры и Михаила для исследователей очевидны. Главную роль в военных победах сыграли братья Феодоры Варда и Петрона. Петрона разгромил в сентябре 863 г. эмира Мелитины Умара (Омара), который погиб в сражении. Варда в 865 г. разбил болгар, следствием чего стало крещение болгарского хана Бориса, принявшего имя Михаил. Михаил стал крестным отцом Бориса. В 860 г. неудачей окончился грабительский набег руси на окрестности Константинополя, повлекший за собой, как полагают исследователи, крещение части русской (скандинавской) знати (так называемое первое Крещение Руси). Именно при Михаиле началась миссия равноапостольных Кирилла (Константина) и Мефодия в славянских землях.