Исследователи полагают, что именно тогда произошёл описанный в Житии эпизод, когда Яльбуга в споре с патриархом выхватил меч, угрожая зарубить неуступчивого старца, но Матфей I спокойно подставил шею под клинок, и эмир отступил. Житие добавляет, что эмир вскоре попал в опалу и был заточён в темницу, где по молитвам патриарха и оставался до своей смерти. Автор Жития отмечает авторитет Матфея I у других христианских общин – православных (румов), обращавшихся к его суду, и католиков (франков), присылавших ему богатые дары (согласно Житию, один из европейских королей даже изготовил церковное облачение с изображением Матфея I). Однако наиболее тесные связи коптский патриарх поддерживал с единоверцами из Эфиопии. Эти узы определялись не только канонической зависимостью Эфиопской церкви от Александрийского престола и тем, что патриарх выступал посредником в политических контактах султана Баркука и эфиопского негуса, но и тем, что, по преданию, негус Давид II проявлял особую благосклонность к Матфею I, который предрёк его вступление на престол. Эфиопский правитель присылал патриарху щедрую милостыню, которая была одним из основных источников дохода Коптской церкви. Контакты Эфиопии с западноевропейскими христианами вызывали естественную озабоченность каирских султанов, опасавшихся оказаться «в клещах» христианского военного союза. Матфей I выглядел посредником в этих контактах, что, как полагают исследователи, стало поводом для заговора против патриарха, организованного эмиром Джемаль ад-Дином, одним из влиятельных сановников султана Фараджа. Эмир, известный как жестокий гонитель христиан, тайно отправил посланцев к правителям Хиджаза и Йемена, уговаривая их написать египетскому султану, что коптский патриарх побуждает эфиопского негуса разрушить Мекку. Согласно Житию, Матфей I чудесным образом узнал об этом и молил Бога забрать его душу раньше, чем прибудут гонцы с грамотами, чтобы христиане не подверглись репрессиям из-за него. Джемаль ад-Дин продолжал угрожать патриарху и преследовать его, несмотря на то, что приближённые Матфея I отдали эмиру 500 тыс. дирхемов из патриаршей казны. В дом патриарха явились приставы, чтобы доставить его к эмиру. Матфей I, предвидя час своей смерти, попросил у них отсрочки на один день и той же ночью скончался. Толпы народа, включая представителей других общин, провожали его в последний путь. Патриарх был похоронен в монастыре Дейр-эль-Хандак под Каиром. В течение года после его кончины происходили чудеса и знамения. Уже при жизни Матфей I почитался как великий святой, провидец и чудотворец. Его Житие сохранило множество свидетельств о совершённых им исцелениях, об изгнании бесов, даже о воскрешении мёртвых, о его даре предвидения будущего, чтении людских помыслов и знании их тайных грехов, а также о божественном наказании, настигавшем врагов патриарха. К поколению Матфея I исследователи относят целый ряд известных коптских святых, так или иначе связанных с ним: его духовный наставник Маркус аль-Антуни, к советам которого Матфей I продолжал обращаться, даже став патриархом; Ибрахим аль-Фани (1321–1396 гг.), игумен монастыря святого Антония и впоследствии сподвижник Матфея I в его благотворительной деятельности в Каире; Анба Рувайс (1334–1404 гг.), отшельник-чудотворец, в 1371 г. переселившийся в Каир и сблизившийся с Матфеем I (гробница Матфея I находится рядом с могилой Анбы Рувайса в церкви, носящей его имя).