Став главой Коптской церкви, Матфей I продолжал вести аскетическую жизнь, подчёркнуто отказывался от всяких попыток копить средства на нужды патриархии и раздал нищим казну, оставшуюся от прежнего предстоятеля. В условиях регулярно повторявшихся в конце XIV – начале XV вв. неурожаев и голодных лет (1374–1375; 1394–1396; 1403–1404 гг. и др.) Матфей I сумел привлечь к благотворительной деятельности верхушку коптской общины и перенаправить часть средств христианской знати на помощь голодающим и монастырям. В благотворительности Матфей I не делал различия между христианами, мусульманами и иудеями. Французский путешественник Ожье д'Англюр в 1395 г. свидетельствовал, что до тысячи бедняков ежедневно получали питание в патриархии. Матфей I показывал достаточно нетипичный для коптской истории пример патриарха-администратора, реально управлявшего делами своей паствы и распоряжавшегося значительными финансовыми ресурсами. При этом, согласно Житию, нередко отдавал голодным собственный ужин, а нуждающимся епископам – свои облачения. В мамлюкскую эпоху усилилось давление власти и общества на конфессиональные меньшинства Ближнего Востока. Обстановку религиозной нетерпимости усугубляли периодически повторявшиеся вспышки эпидемии чумы, засухи и наводнения, воспринимавшиеся мусульманским населением как проявления божественного гнева за грехи людей и отступления от норм шариата. В годы эпидемий и стихийных бедствий начинались кампании по подавлению виноторговли (прочно ассоциировавшейся с христианами), наркомании, проституции и насаждению норм мусульманского благочестия, включая меры бытовой дискриминации зиммиев (иноверцев). Так, возможно, именно эпидемия легочной чумы 1379 г. вызвала волну обысков в домах коптов и других христиан с публичным уничтожением найденных у них запасов вина. Подобные меры принял наместник султана эмир Савдан в июле 1387 г. ввиду задержки подъёма воды в Ниле. Исследователи полагают, что к тому же времени относится недатированный эпизод из «Жития Матфея I», связанный с предписанием эмира Савдана христианским женщинам носить изар (головное покрывало) голубого цвета согласно шариатскому установлению об отличительной одежде инаковерующих. Патриарх выступил против этой меры, опасаясь, что христианки, выделяясь в толпе, станут объектом нападок черни, и пригрозил эмиру ответными мерами христианских царей, прежде всего, эфиопского негуса. Савдан отменил распоряжение. Матфей I дважды предотвращал попытки мусульман разрушить коптские церкви в Каире: сначала собор Эль-Муаллака, затем монастырь Дейр-Шахран. Во втором случае он, рискуя жизнью, встал на пути возбуждённой толпы погромщиков. Предлогами для нападений были утверждения о незаконных перестройках церквей или подозрения, что они были возведены после мусульманского завоевания (правоведы мамлюкской эпохи считали недопустимым строительство новых церквей). Патриарх обратился к султану Баркуку (1382–1389; 1390–1399 гг.), по поручению которого мусульманские юристы расследовали вопрос о «сомнительных» церквах и вынесли решения о законности существования обоих храмов. В октябре 1400 г. эмир Яльбуга ас-Салями в обстановке панических ожиданий вторжения в мамлюкское государство армии Тамерлана возглавил новую кампанию по насаждению благочестия.