В христианских деревнях Шубра и Миньят-эс-Сирадж, специализировавшихся на виноделии, был устроен погром, сопровождавшийся уничтожением десятков тысяч кувшинов с вином. Одновременно в Шубре была разрушена церковь, где хранились мощи некоего мученика, имевшие важное значение для проведения коптского обряда празднования разлива Нила (мусульманские юристы считали греховными сопровождавшие праздник массовые гуляния, в которых участвовали и мусульмане). Гонения, периодически обрушивавшиеся на христиан мамлюкского государства, и нарастающая исламизация коптской общины вызвали ответную реакцию коптов в виде череды добровольных мученичеств. Так, в марте 1380 г. группа новообращённых мусульман, мужчин и женщин, демонстративно объявила о возвращении к прежней вере, что по законам шариата каралось смертью. После безуспешных увещеваний все они были казнены. Тогда же добровольно приняли смерть харизматичный монашеский лидер Абу Куфайфа и три его ученицы. В мае был казнён монах Арсений аль-Хабаши из монастыря Дейр-эль-Мухаррак. Исследователи предполагают, что к этому же времени относится мученичество Ибрахима ас-Сурьяни. Бывший сирийский монах обратился в ислам, поступил на военную службу и жестоко преследовал христиан. Приближённые советовали Матфею I проклясть вероотступника, но патриарх молился о даровании тому мученического венца. В результате Ибрахим вернулся в прежнюю веру и был казнён. Всего Коптская церковь почитала память 49 мучеников, пострадавших в патриаршество Матфея I. Среди них было несколько насельников монастыря святого Антония, несомненно, лично знакомых с патриархом (казнены в апреле-мае 1383 г.), и даже католические священники, добровольно принявшие мученичество во время паломничества в Иерусалим (не позднее ноября 1393 г.). Несмотря на атмосферу религиозной нетерпимости, господствовавшую в мамлюкском обществе, Матфею I удавалось поддерживать дружеские отношения с султаном Баркуком, который (как и все мамлюки, был мусульманином в первом поколении, а по слухам даже крещенный в детстве). Баркук не отличался религиозным фанатизмом. Коптский летописец даже утверждал, что султан занял трон только после того, как получил благословение отцов монастыря святого Антония. Благосклонность султана к Матфею I проявилась и в упомянутых случаях с попытками разрушения коптских церквей в Каире, и в том, что Баркук не верил клевете на патриарха, исходившей подчас от самих же коптов. Не раз султан передавал на суд Матфею I дела христиан, в частности, имущественные тяжбы франкских купцов. Однако после свержения Баркука группой эмиров в мае 1389 г. Матфею I пришлось пострадать за свою близость к прежнему султану. Согласно Житию, патриарха схватил эмир Минташ, фактический правитель государства, и под пытками вымогал у Матфея I сокровища Баркука, якобы оставленные на хранение патриарху. По сообщению мусульманского историка аль-Макризи (XV в.), Минташ, срочно искавший средства на снаряжение армии для дальнейшей борьбы с Баркуком, арестовал 23 ноября 1389 г. Матфея I и главу иудейской общины Каира, потребовав с них 100 и 50 тыс. дирхемов соответственно. После вторичного воцарения Баркука и его смерти, при молодом султане Фарадже (1399–1412 гг.), положение Матфея I снова пошатнулось. 19 декабря 1400 г., в разгар противоборства мамлюков с Тамерланом, эмир Яльбуга арестовал патриарха и потребовал от него значительных выплат. Матфей I клялся, что потратил все средства на помощь беднякам – мусульманам и христианам.