Спор на некоторое время прекратился после восшествия на Константинопольский престол в 596 г. патриарха Кириака. Недовольство в балканской армии накапливалось в течение многих лет и связывалось с планами Маврикия воевать на северном берегу Дуная. Первые известия о брожении среди военных относятся к 593 г. В 595 г. солдат возмутили объявленные изменения в порядке выдачи жалованья: треть деньгами, треть оружием и треть одеждой. Реформу пришлось отменить из-за угрозы бунта. Продолжительная, хотя и успешная война и экономический упадок страны привели к росту числа недовольных политикой Маврикия во всех слоях населения. На Рождество 601 г. в Константинополе был голод из-за недостатка хлеба; некий юродивый монах у ворот Халка кричал, что Маврикий погибнет от меча; в это же время толпа кидала камни в Маврикия и его семью во время крестного хода; император скрылся во Влахернском храме. В 602 г. Маврикий уже ожидал некоего переворота со стороны знати, какое-то время подозревал в заговоре Филиппика. В ноябре 602 г., получив сведения о начавшемся мятеже, Маврикий попытался привлечь на свою сторону партии цирка и поручил им охрану городских стен. 20 ноября Маврикий узнал, что кесарь Герман и сын Маврикия Феодосий имели контакты с мятежниками, и те предлагали кому-либо из них двоих занять престол вместо Маврикия. Он вызвал обоих во дворец и обвинил в заговоре Германа, а Феодосия избил жезлом. 21 ноября Герман скрывался в алтаре храма Пресвятой Богородицы Кира, затем в соборе Святой Софии; жители Константинополя не позволили его арестовать. В ночь на 22 ноября Маврикий снял с себя императорские инсигнии и с семьёй переправился на корабле через Пропонтиду в Никомидию. Феодосия он отправил ко двору шаха Хосрова II просить поддержки, но вскоре по неясной причине приказал ему вернуться. 23 ноября 602 г. в военном лагере близ Константинополя императором был провозглашён гекатонтарх (сотник) Фока, тогда же он коронован в храме святого Иоанна Крестителя в Евдоме. 25 ноября Фока торжественно въехал в столицу. Часть жителей Константинополя, в основном, из партии венетов, до последнего выступали на стороне Маврикия; ещё 27 ноября в городе продолжались столкновения. Однако сам Маврикий был схвачен вместе со всей семьёй и 27 ноября казнён вместе с пятью сыновьями; их головы выставили на обозрение в Евдоме. Вскоре были убиты также брат Пётр, его сын Феодосий и несколько военачальников. Августа Константина и три дочери Маврикия содержались под арестом во дворце Льва. Гибель Маврикия и его семьи потрясла современников. В Византии ходили слухи о том, что казнь стала наказанием за грехи Маврикия, особенно за отказ выкупать пленных ромеев. Говорили, что Маврикий оставлял в храмах по всей империи письма к Христу, в которых умолял принять его жизнь в обмен на совершённые им прегрешения. Сохранилось также предание о том, что Маврикий во время молитвы однажды услышал Глас Божий, спросивший его, хочет ли он получить возмездие за грехи в этой жизни или в будущей. Маврикий пожелал возмездия на земле. После казни говорили также, что царская кормилица пыталась спасти от убийц младшего ребёнка Маврикия, отдав им своего. Но Маврикий воспротивился этому и потребовал смерти для своего сына, а не для подменного. После воцарения Фоки в Византии ходили слухи о том, что сын Маврикия Феодосий остался жив.