В конце апреля 588 г. армия самостоятельно избрала командующим Германа, который прежде был стратигом Финикии Ливанской, и против его воли провозгласила его императором. Спустя два месяца в армию приехал Филиппик, вновь назначенный Маврикием командующим, но армия отказалась ему подчиняться. Герман продолжал успешно командовать и вскоре одержал победу при Мартирополе (ныне Сильван, Юго-Восточная Турция). В конце 588 г. Герман был вызван в Константинополь, где Маврикий провёл судебное разбирательство его действий, проигнорировав обстоятельства мятежа; Герман и несколько его помощников-командиров были полностью оправданы и получили подарки от Маврикия. На Пасху в апреле 589 г. состоялось примирение армии с официальным командующим Филиппиком, который вновь прибыл в военные лагеря на границе. Филиппика сопровождал Антиохийский патриарх Григорий I, который устроил пасхальное угощение для командиров. Но в 589 г. византийцы потеряли крепость Мартирополь из-за предательства части гарнизона, а попытки взять её осадой результата не дали. В июле 589 г. византийцы во главе с Коменциолом одержали победу в тяжёлой битве у крепости Сисавранон (к востоку от современных Эль-Камышлы, Восточная Сирия). В 590 г. длительное военное напряжение начало сказываться и на положении персов. В Северном Иране мятеж полководца Бахрама Чубина парализовал Персидскую державу. 6 февраля 590 г. в Ктесифоне был свергнут шах Хормизд IV и возведён на трон его сын Хосров II, но уже через месяц наступление Бахрама вынудило Хосрова с семьёй бежать к византийской границе. Он был милостиво встречен византийским командованием и перевезён в Эдессу. С весны до осени 590 г. в Константинополе находилось его посольство, которое просило у Маврикия помощи в возвращении трона в обмен на мир и раздел земель Армении между двумя державами. В то же время в Константинополь прибыло посольство от Бахрама, но Маврикий отказался принимать его. Осенью Маврикий заключил договор с Хосровом и объявил, что заочно усыновляет его. В начале 591 г. византийская армия под командой Нарсеса и Иоанна Мистакона совместно с персами, лояльными Хосрову, начала поход в Месопотамию и Иран. В сентябре 591 г. Бахрам был разбит византийцами при Гандзаке (близ современного города Лейлан, Северо-Западный Иран); Хосров вернулся в Ктесифон; тысяча византийских лучших воинов составили его личную охрану. Положение христиан в Персии укрепилось, т.к. Хосров вскоре издал указ, уравнивавший в правах христиан и представителей традиционной персидской религии – маздеизма. В результате этой победы византийская граница в Сирии и Месопотамии была полностью восстановлена; были присоединены некоторые области Закавказья и Северной Месопотамии, преимущественно Армении: Иверия, Тайк, Айрарат, Тарон, Восточная Арзанена. Установление византийской власти в Армении сопровождалось восстанием под руководством Смбата Багратуни, в ходе которого был убит византийский полководец Иоанн Мистакон; спустя несколько лет восстание было подавлено. После присоединения Западной Армении был образован армянский Аванский католикосат, который должен был объединить армян-халкидонитов, лояльных Византии. Нападения авар и славян на Балканы к начале 580 гг. стали регулярными.