В XVIII–XIX вв. Маалула входила в состав разных епархий Мелькитской католической церкви с центрами в Каре, Хомсе, Ябруде. В описаниях Павла Алеппского и В.Г. Григоровича-Барского говорится только о церкви первомученицы Фёклы, но не о монстыре, возникшем вокруг неё. Исследователи полагают, что появление обители относится к более позднему времени. Под 1756 г. священник Михаил Брейк сообщает об обновлении церкви святого Иоанна Предтечи, стоявшей в центре монастыря первомученицы Фёклы, т.е. монастырь уже существовал раньше этой даты (по данным XIX в., он имел статус ставропигиального). В ноябре 1843 г. Маалулу посетил архимандрит Порфирий (Успенский). Он оставил нелицеприятное описание запустения, царившего в монастыре первомученицы Фёклы, и весьма критическую характеристику игумена Захарии, кипрского грека, больше похожего на властного и воинственного шейха, чем на настоятеля обители. Паломничество в монастырь, в том числе мусульман, продолжалось. Мощи первомученицы по-прежнему были замурованы в скале. Уже сложилось представление о недопустимости видеть их, подобно сокрытой иконе Богоматери в соседнем Сайднайском монастыре. Существовала легенда, что некий игумен, попытавшийся добраться до мощей, был остановлен землетрясением. В обители жили игумен и диакон; два послушника занимались сбором подаяний на окрестных землях. Монастырь владел стадами коз, пахотными угодьями, виноградником и масличными деревьями. В 1830 гг. там была построена гостиница для паломников. В униатском киновиальном монастыре мучеников Сергия и Вакха, по данным архимандрита Порфирия (Успенского), жили десять монахов, но бóльшая их часть отсутствовала по хозяйственным нуждам. Подаяния богомольцев были невелики, и монастырь выживал за счёт своих земельных владений, сдававшихся в аренду феллахам, и финансовой поддержки со стороны главного мелькитского монастыря Дайр-эль-Мухаллис под Сайдой. В монастырях конгрегации аль-Мухаллисийя проходила периодическая ротация монашествующих. Именно для монастырской церкви мученика Сергия в 1813 г. написал ряд хранящихся здесь икон Михаил Полихронис, крупнейший иконописец, работавший на Ближнем Востоке в начале XIX в. В октябре 1850 г. в ходе подавления османами мятежа эмира Баальбека Мухаммада Харфуша турецкие войска разграбили Маалул, где мятежники пытались найти укрытие. Игумен Захария, спасая женщину от насилия, был смертельно ранен. Селение подверглось нападению и во время антихристианских выступлений в Сирии в 1860 г. Во второй половине XIX – XX вв. Маалула привлекала внимание учёных как один из последних ареалов бытования разговорного западного новоарамейского языка. Помимо Маалулы этот язык употребляется в соседних деревнях Бахъа и Джубъадин, жители которых перешли в ислам в XVIII в. Население всех трёх деревень двуязычное: также используется местный арабский диалект. По состоянию на конец XX в. в регионе насчитывалось, по разным данным, от 6 до 18 тыс. носителей арамейского языка, хотя молодое поколение жителей Бахъа уже не умело правильно говорить по-арамейски, сохраняя только понимание этого языка. В церквах Маалулы в прошлом сохранялось значительное число сирийских рукописей, однако в середине XIX в. невежественный епископ, опасавшийся, что эти тексты дадут повод сиро-яковитам претендовать на церковные здания, приказал сжечь все сирийские книги; уцелело лишь несколько манускриптов. В 1940 гг. в Маалуле насчитывалось 2 тыс. жителей, пять священников, несколько церквей и четыре – пять монахов в монастырях мучеников Сергия и Вакха и первомученицы Фёклы.