К этому же веку исследователи относят древнейшую икону, хранившуюся в монастыре, – образ святых Сергия и Вакха предположительно кипрского письма. В монастырской церкви сохранились остатки фресок эпохи Крестовых походов. Под 1366 г. упоминается участие митрополита Маалулы в выборах Антиохийского патриарха Михаила I. С XVI в. на плато Каламун усиливались процессы арабизации и исламизации, а также увеличивалась миграция сельских жителей в Дамаск. По османским переписям того времени, из 37 деревень нахии Джуббат-эль-Ассаль, с севера примыкавшей к Дамаску, только в пяти сохранилось христианское население. В Маалуле мусульман не было отмечено, а численность христиан в 1543 г. составляла 139 семейств и 67 неженатых мужчин, в 1569 г. – 190 и 130 соответственно. Необычно высокая доля неженатых мужчин, по мнению исследователей, связана с некими социально-экономическими факторами. Из исторических записей Антиохийских патриархов Макария III и Кирилла V аз-Заимов исследователям известны имена пяти митрополитов Маалулы, живших в XVII в. Из-за сокращения христианского населения в регионе епархия Маалулы часто объединялась с соседними престолами Кары и Ябруда. В начале XVIII в. митрополит Маалулы уехал за милостыней на грузинские земли и остался там; в результате патриарх Афанасий III Даббас в 1724 г. присоединил Маалулу к епархии Сайднайского митрополита. В XVIII–XIX вв. Селевкийская епархия, в состав которой входила Маалула, включала также селения Сайдная, Захле, Эз-Забадани и др.; резиденцией Селевкийского митрополита были Сайдная или Захле. В 1930 г. Маалула была присоединена к патриаршему диоцезу Дамаска. Архидиакон Павел Алеппский, описывая своё паломничество в Иерусалим в 1642 г., упоминал посещение церкви первомученицы Фёклы в Маалуле и монастыря мученика Сергия, «известного необычайными чудотворениями». Наиболее раннее подробное описание Маалулы принадлежит Василию Григорьевичу Григоровичу-Барскому, побывавшему там в октябре 1728 г. В то время часть населения Маалулы уже перешла в ислам. Действовали три церкви, где поочерёдно служили пять священников: приходская в селе (согласно колофонам рукописей, она имела посвящение во имя святого Леонтия (Триполийского?)), пещерная во имя первомученицы Фёклы и храм мученика Сергия в монастыре на верхнем плато. Мощи первомученицы Фёклы были объектом поклонения не только окрестных христиан, но и мусульман, веривших в целебную силу масла из кандила, висевшего перед иконой святой. Сами мощи не выставлялись напоказ, а были замурованы в боковой расселине пещеры из опасения проявлений агрессии со стороны мусульман, не получивших ожидаемого исцеления, а также чтобы уберечь реликвию от католиков, незадолго до того пытавшихся её похитить. Пещерный храм не имел никаких украшений «страха ради агарян». Монастырь мученика Сергия стал необитаемым из-за постоянных вымогательств со стороны мусульманских путников, проходивших по Дамасской дороге, «иже в странах тех ясти и пити обыкоша от монастырей». Строения находились в аварийном состоянии, священники из села отпирали церковь и служили там, только когда приходили паломники. Если при В.Г. Григоровиче-Барском число униатов в Маалуле было незначительным («иже нововселишася»), то в последующие годы католическая проповедь привлекла большинство жителей селения. В 1732 г. монастырь мученика Сергия был восстановлен и заселён монахами мелькитского Ордена аль-Мухаллисийя. Часть христиан Маалулы фактически вышла из-под юрисдикции православного Антиохийского патриарха. Попытка патриаршего вакиля (уполномоченного) Джурджиса в 1767 г. собрать подати в селении вызвала бунт, и вакиль с трудом спасся.