Осенью возобновилась гражданская война между правительством и Луи де Конде, который бежал из Парижа и поднял мятеж на юге страны, обратившись за помощью к Испании. Королевский двор выехал из столицы, а в январе 1652 г. Мазарини по приглашению королевы вернулся во Францию с набранным войском. Перешедший на сторону короля маршал Анри де Латур д'Овернь, виконт де Тюренн (в 1649 г. он поддержал мятежников), с небольшой армией удачно противостоял войскам Луи де Конде. 2 июля 1652 г. остатки армии Луи де Конде подошли к Парижу. Виконт де Тюренн был готов нанести последний удар, но по приказу Анны Марии Луизы Орлеанской, герцогини де Монпансье, дочери Гастона Орлеанского, пушки Бастилии обстреляли его армию. Луи де Конде вошёл в город, его солдаты при помощи плебса устроили в Париже погромы и грабежи, разрушили ратушу, свергли муниципалитет. Новые городские власти заключили союз с мятежными принцами. Только в октябре 1652 г. королевское правительство смогло при поддержке напуганных погромами горожан вернуть себе власть над Парижем. Луи де Конде бежал и продолжил воевать с французским королём на стороне Испании. Чтобы заключить мир с парижанами, Анне Австрийской вновь пришлось согласиться на изгнание Мазарини (19 августа). Но уже 3 февраля 1653 г. он с триумфом вернулся в Париж, чтобы вместе со своим воспитанником юным Людовиком XIV подавить последние очаги мятежа (датой окончания Фронды считается 3 августа 1653 г., когда пал её последний оплот – Бордо, где в течение года власть принадлежала плебейской организации «Ормэ» (в переводе с франц. – «поляна под вязами», место проведения собраний)) и приступить к восстановлению королевства. Хотя после Фронды реальная власть находилась в руках Мазарини (Анна Австрийская уже меньше участвовала в управлении страной), он всё больше привлекал к государственным делам своего крестника. Став сюринтендантом воспитания короля (1646 г.), Мазарини ответственно подошёл к своим обязанностям: нанял лучших учителей, отвечавших за его образование; король присутствовал на заседаниях совета, вникал в дела государственного управления, задавал вопросы. 7 июня 1654 г. в Реймсе состоялась коронация Людовика XIV. В политике был взят курс на централизацию власти (в 1653 г. для большего контроля над провинциями Мазарини восстановил должности интендантов), хотя внутренняя стабильность не была достигнута. В отличие от своего предшественника на посту главного министра по отношению к гугенотам Мазарини проводил политику терпимости. Ещё в 1643 г. он возобновил действие Нантского эдикта (1598 г.), что было подтверждено королевским указом. В 1659 г., во время синода протестантских церквей в Лудёне, кардинал в очередной раз заверил гугенотов в своём уважении, назвав их верными и добрыми слугами короля. Угрозу новой Фронды он видел в янсенизме (во время гражданской войны часть янсенистов поддержала мятежников).