26 августа 1648 г. по приказу регентши был арестован популярный лидер парламентской оппозиции советник Пьер Бруссель, что спровоцировало восстание в Париже (на следующее утро улицы столицы были заблокированы баррикадами), и королеве пришлось освободить узника. 22 октября была обнародована королевская декларация, текст которой был подготовлен парламентом. Эта декларация утвердила принцип контроля парламента над государственными финансами, снижение ряда косвенных налогов и тальи, предусматривала изъятие у финансистов части незаконно полученной ими прибыли; вводила в действие в провинциях сменившие интендантов регулярные судебно-финансовые трибуналы. В ночь на 6 января 1649 г. регентша с сыновьями и Мазарини тайно бежали из мятежной столицы в пригородную резиденцию Сен-Жермен-ан-Ле. За ними последовали принцы, гранды и придворные. Началась Парижская война (январь-март 1649 г.). Парламент потребовал отставки и изгнания Мазарини, объявив его врагом государства. Это требование привлекло на сторону парламента многих недовольных министром аристократов: Армана де Бурбона, принца де Конти (младшего брата Луи II де Конде, «Великого Конде»), Жана Франсуа Поля де Гонди (впоследствии кардинал де Рец), герцога де Бофора и др. Противостояние было недолгим: правительственные войска под командованием Луи де Конде осадили Париж, вынудив парламент и непокорных принцев подписать мир с двором (1 апреля 1649 г.). В августе король Людовик XIV, простив бунтовщиков, торжественно вернулся в столицу. На следующем этапе Фронды (так называемая Фронда Принцев (1650–1653 гг.)) развернулась борьба за власть между Мазарини и аристократической группировкой во главе с Луи де Конде. Первый принц крови, считавший себя спасителем королевства, обойдённым монаршими милостями, публично выказывал неуважение Мазарини и не скрывал своих притязаний на его место. 18 января 1650 г. Анна Австрийская приказала арестовать Луи де Конде, принца де Конти и их зятя Анри II, герцога де Лонгвиля, что вызвало недовольство в провинциях. Гражданская война затянулась, и противники Мазарини сумели сговориться. В Париже на сторону оппозиции, которая требовала освобождения принцев и отставки Мазарини, перешёл Гастон Орлеанский, дядя Людовика XIV. В ночь на 7 февраля 1651 г. Мазарини покинул Париж и отправился в изгнание. По пути (в Гавре) он освободил мятежных принцев (13 февраля). Планировалось бегство из Парижа членов королевской семьи, однако горожане, опасавшиеся повторения событий 1649 г., окружили Пале-Руайаль и помешали им выехать. Мазарини поселился в замке Брюль (ныне земля Северная Рейн-Вестфалия, Германия), предоставленном ему Кёльнским архиепископом Максимилианом Генрихом Баварским (1650–1688 гг.). С объявлением Людовика XIV совершеннолетним (7 сентября 1651 г.) формально закончилось регентство.