На генеральном капитуле 1645 г. по инициативе Грегуара Тарисса были приняты конституции мавристов. Во главе отдельных монастырей стояли приоры, избиравшиеся на три года (с возможностью однократного переизбрания). Провинциями руководили визитаторы (также избирались на три года с правом однократного продления полномочий); при них действовал местный орган управления, включавший всех приоров и по делегату от каждой общины данной провинции. Высшая власть принадлежала собиравшемуся один раз в три года генеральному капитулу (включал по четыре делегата от каждой провинции, шесть визитаторов, двух ассистентов и генерального настоятеля), которому принадлежало право назначения на все должности, также он имел законодательные и исполнительные полномочия. В промежутках между созывами генеральных капитулов управление осуществляли генеральный настоятель (избирался на три года с правом переизбираться неограниченное число раз) и генеральный совет (собирался раз в год). С 1623 по 1733 гг. существовала также должность генерального прокуратора конгрегации мавристов в Риме при Папском престоле. В конце XVII в. конгрегация мавристов переживала расцвет: она объединяла 178 монастырей, в неё входило около 3 тыс. монахов (1675 г.). В первой половине XVIII в. в некоторых обителях мавристов получил распространение янсенизм. В 1729 г. на генеральном капитуле мавристов в Муайенмутье большинство выступило против признания осуждавшей янсенизм буллы папы Римского Климента XI (1700–1721 гг.) «Unigenitus» (1713 г.); генеральным настоятелем был избран лидер этой группы Ж.Б. Алейдон (1671–1733 гг.). В июне 1729 г. он был арестован французскими властями, которые стремились добиться от духовенства признания папской буллы, и около года содержался в заключении в Орлеане. Генеральному прокуратору П. Малоэ пришлось уехать из Рима, возникла реальная угроза упразднения конгрегации. Кризис удалось урегулировать при посредничестве кардинала Анри-Понса де Тиара де Бисси (1657–1737 гг.), аббата-коммендатора Сен-Жермен-де-Пре. В 1735 г. новый генеральный настоятель Э. Менар и другие представители мавристов подписали письмо с выражением покорности папе Римскому Клименту XII (1730–1740 гг.) и с признанием буллы «Unigenitus». Во второй половине XVIII в. среди мавристов возникло движение за ослабление чрезмерно суровых требований устава. В 1765 г. 28 монахов Сен-Жермен-де-Пре обратились к королю Людовику XV (1715–1774 гг.) с письмом, осуждавшим сложившиеся практики. Это стало причиной серьёзного конфликта внутри конгрегации, генеральный настоятель М.Ж. Дельрю и другие лидеры мавристов сурово осудили авторов письма. Однако этот конфликт и политика французских властей, направленная на ограничение влияния монашеских Орденов и конгрегаций (в 1766 г. была создана Комиссия по делам монашествующих, франц. Commission des réguliers), сделали необходимым составить новую версию конституции мавристов (принята на генеральном капитуле в 1769 г.; опубликована в 1770 г.), но в ней практически не содержалось послаблений по сравнению с предыдущей версией.