Здесь, как и в ватиканском «Святом Иерониме», нашёл отражение новаторский подход Леонардо да Винчи к проблеме соотношения человеческой фигуры и пейзажного окружения. Природные формы перестают служить нейтральным фоном, но, будучи неразрывно связаны с фигурой человека, уравновешивают её и становятся полноценным элементом иконографической программы. Образ человека воспринимается как центр и смысловое ядро мирового ландшафта. С формальной точки зрения Леонардо да Винчи демонстрирует в этой работе стремление к тональному колориту, на фоне которого выделяется лишь сияющий жёлтый отворот покрывала Богоматери. Лондонская версия «Мадонны в скалах» была выполнена к 1508 г. при участии учеников Леонардо да Винчи (как полагают исследователи, взамен оригинала); исследователи отмечают, что она обнаруживает стилистические признаки, характерные для живописи Леонардо да Винчи 1490 гг., и несколько проще с точки зрения иконографии, а также менее выразительна в художественном отношении. К теме генеалогии Христа Леонардо да Винчи ещё раз обратился после возвращении во Флоренцию, в процессе создания алтаря «Мадонна с Младенцем и святой Анной» (1503–1507 гг., Лувр, Париж) для церкви Сантиссима-Аннунциата. В нём он предложил оригинальное иконографическое решение, соединив две женские фигуры в компактную, будто спаянную группу и поместив эту монументальную и устойчивую пирамидальную композицию на фоне далёкого пейзажа. Пристальный интерес к природе, о котором свидетельствуют ботанические штудии Леонардо да Винчи и детально проработанные растительные мотивы в «Мадонне в скалах», отчётливо проявился во фресках Леонардо да Винчи в Зале гербов (Sala delle Asse) в Кастелло-Сфорцеско. Росписи, начатые в 1498 г. (значительно переписаны в 1901 г.), имитируют зелёную беседку; на ветвях деревьев помещены гербы Лодовико Сфорцы и его супруги Беатриче д'Эсте. Между 1495 и 1497 гг. Леонардо да Винчи исполнил своё главное произведение первого миланского периода – «Тайную вечерю» на стене трапезной доминиканского монастыря Санта-Мария-делле-Грацие. Из-за применения экспериментальной техники, более подходящей для живописи на доске (роспись выполнена «жирной» темперой поверх сухого грунта и тонкого слоя свинцовых белил, которые были призваны усилить световые эффекты), она начала тускнеть уже через несколько десятилетий после создания и к середине XVI в. совершенно потеряла первоначальный вид (свидетельства Джорджо Вазари и Джованни Паоло Ломаццо). Эту роспись исследователи считают высшим достижением Леонардо да Винчи в области оптики и воздушной перспективы. Благодаря высокой точке схода он зрительно расширил пространство трапезной, с помощью бесконечного пейзажа, расстилающегося за спиной Христа и апостолов, «уничтожил» тем самым границу стены. Обособленная фигура Христа является геометрическим, композиционным, сюжетным и символическим центром сцены. К Христу обращены взоры взволнованных и растерянных учеников.